计算化学公社

标题: 生产模拟时报错ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm [打印本页]

作者
Author: 人生若只如初见 时间: 2025-4-5 17:24
标题: 生产模拟时报错ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm
各位老师好，我现在有一个体系，使用NAMD程序运行，前面的平衡模拟正常运行，没有任何报错，但是当我转入生产模拟的时候，我的体系总是提示一下错误，想麻烦问问各位老师有没有什么好的办法
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 144!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 110!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
FATAL ERROR: Exiting prematurely; see error messages above.
[Partition 0][Node 0] End of program

然后以下是我的conf文件
structure             finalhex.psf
coordinates          finalhex.pdb

set continue          Sta1-Equil
binCoordinates       $continue.coor
binVelocities       $continue.vel
extendedSystem       $continue.xsc
seed                31415926
set desired_temp    300
set outputname       Sta2-Equil

firsttimestep       14050000
paraTypeCharmm       on
parameters          par_all36m_prot.prm
parameters          toppar_water_ions.str
parameters          par_silicon_ions_NEW5.inp

exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff                12.0
switching             on
vdwForceSwitching    yes
switchdist          10.0
pairlistdist          14.0
margin                5

timestep             2.0
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency    1
stepspercycle       20

cellBasisVector1       50.873    0.0          0.0
cellBasisVector2       0.0       50.139       0.0
cellBasisVector3       0.0       0.0          50.55
cellOrigin             -0.2560 0.1125       0.0333

wrapAll             on
wrapWater             on
wrapNearest          on

rigidBonds          all

PME                   yes
PMEGridSpacing       1.0

outputName          $outputname

restartfreq          4000 ;# 4000steps = every 4ps
dcdfreq             4000
xstFreq             4000
outputEnergies       200
outputPressure       200

langevin             on
langevinDamping       1.0
langevinTemp          $desired_temp
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens

useGroupPressure    yes    ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no    ;# yes for anisotropic system like membrane
useConstantArea       no
langevinPiston       on
langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm = 1.01325bar
langevinPistonPeriod 50.0 ;# oscillation period in fs. correspond to pgamma T=50fs=0.05ps;f=1/T=20.0(pgamma)
langevinPistonDecay 25.0 ;# oscillation decay time.Equall or smaller than piston period.
langevinPistonTemp    $desired_temp

minimize             50000
run                   250000000

作者
Author: CUIGH 时间: 2025-4-5 22:35
本帖最后由 CUIGH 于 2025-4-5 22:37 编辑

问题很多啊
第一，既然前面有平衡模拟了，为什么最后会有minimize，直接续着跑就好了
第二，firsttimestep是为了接着断掉的模拟，但你是一个平衡后正式开始跑，为什么不设置为0
第三，.xsc里面你包含平衡过程（我默认成恒压平衡）的周期性边界条件，就没必要写下面的周期性边条件了，这俩可能冲突了
第四，平衡过程一般是恒压平衡（NPT），最后正式一般是NVT，你这里又加了控压条件，我不知道是否会对你的结果产生影响，还是你就想要在NPT下出结果
第五，这个报错问题在正常模拟中一般是因为1、固定了两个原子，且这两个原子距离太近（导致范德华力爆炸）；2、或者有键连接的两个原子相距过远（键能爆炸）
第六，如果是上述第一个问题，建模的时候把距离调大一点
第七，如果是上述第二个问题，可以尝试调小timestep

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)