计算化学公社

标题: 求助：GMX+Metadynamics计算小分子穿膜能垒的plumed设置 [打印本页]
作者
Author: 含光君    时间: 2025-4-3 10:13
标题: 求助：GMX+Metadynamics计算小分子穿膜能垒的plumed设置
大家好，

我想通过增强采样方法研究小分子穿越溶液表面两亲分子膜的能垒。

在plumed输入文件中，我将小分子的质心z坐标(pz)定义为CV (collective variable), 但是不知道是否需要固定住其质心的x,y坐标。

下面是比较困惑的地方：
一方面，如果不固定住，模拟轨迹中小分子看起来就在整个盒子中自由移动，不知由此得出的G~pz曲线是否有意义。
另一方面，如果固定住，由于表面两亲分子不是规则排列的，小分子从不同区域穿过界面能垒大概率不一样。


模拟盒子信息：体系中有一个水层，水层表面是一层两亲分子膜，体系中有一个小分子。

(, 下载次数 Times of downloads: 3)

Plumed输入文件：
  1. MOLINFO STRUCTURE=reference.pdb

  3. LIM: GROUP NDX_FILE=index.ndx NDX_GROUP=LIN
  4. c1: COM ATOMS=LIN
  5. p: POSITION ATOM=c1

  7. uwall: UPPER_WALLS ARG=p.z AT=7  KAPPA=3000
  8. lwall: LOWER_WALLS ARG=p.z AT=-7 KAPPA=3000

  10. metad: METAD ...
  11. ARG=p.z
  12. SIGMA=0.10
  13. PACE=500
  14. FILE=HILLS
  15. TEMP=300
  16. HEIGHT=0.5
  17. GRID_MIN=-10 GRID_MAX=10 GRID_BIN=2400
  18. ...

  20. PRINT ARG=p.z FILE=COLVAR STRIDE=1
复制代码



作者
Author: student0618    时间: 2025-4-3 13:32
在膜的不同位置umbrella sampling 再比较能垒是否很大差别的话，不是更有效率吗？还可以用gmx自带的pull code比plumed跑得快。
作者
Author: 含光君    时间: 2025-4-3 14:05
本帖最后由 含光君 于 2025-4-3 16:50 编辑
student0618 发表于 2025-4-3 13:32
在膜的不同位置umbrella sampling 再比较能垒是否很大差别的话，不是更有效率吗？还可以用gmx自带的pull co ...

谢谢！

这里您指的是跑多个PMF比较不同区域过膜的能垒，最后取个平均嘛？

以及，不带plumed大概可以快多少呢？
作者
Author: Acee    时间: 2025-4-5 14:41
plumed慢的头发昏, 不如gmx原生pull code或者colvars插件
作者
Author: 含光君    时间: 2025-4-6 15:03
Acee 发表于 2025-4-5 14:41
plumed慢的头发昏, 不如gmx原生pull code或者colvars插件

哦哦好，谢谢大佬！



欢迎光临 计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3