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标题: 跑液液萃取分子动力学模拟时有机相成团簇不分相 [打印本页]

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Author: Julia 时间: 2025-4-2 17:33
标题: 跑液液萃取分子动力学模拟时有机相成团簇不分相
本帖最后由 Julia 于 2025-4-2 18:19 编辑

请问各位老师，我想模拟一个液液萃取过程，看水溶液中的溶质分子和萃取剂分子的相互作用。我用packmol建了一个萃取剂（两种有机小分子），水和水中的溶质分子均匀混合的模型，力场是基于GAFF力场，用sobtop生成的力场文件和拓扑文件，跑了em，nvt和npt，跑完npt之后盒子扩大到2倍多，萃取剂分子成团簇，水分子分布在整个盒子中，而且随着模拟时长变化团簇会分成一个或两个。
理论上来说应该是两相会分相有相界面，溶质分子慢慢从水相跑到萃取剂相？为什么不是会分相呢？
以下是我各个分子的拓扑文件和top文件，mdp参数文件：
谢谢各位了~

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-4-2 18:12
萃取剂分子聚成一个或两个团簇，这不就是已经相分离了么？你给出的文件里没有轨迹文件或者结构文件，我们也不清楚你描述的具体是什么状态。

作者
Author: Julia 时间: 2025-4-2 18:17

Stardust0831 发表于 2025-4-2 18:12
萃取剂分子聚成一个或两个团簇，这不就是已经相分离了么？你给出的文件里没有轨迹文件或者结构文件，我们也 ...

结构文件太大了我发不了，社长在qq群里回复说这样的结构明显不正常，让检查一下拓扑文件，但具体检查哪些项我想问下

作者
Author: Julia 时间: 2025-4-2 18:20

Stardust0831 发表于 2025-4-2 18:12
萃取剂分子聚成一个或两个团簇，这不就是已经相分离了么？你给出的文件里没有轨迹文件或者结构文件，我们也 ...

您好，我添加了一个md跑完的结构截图您看一下，感谢~

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-4-2 21:00
现在明显是水相蒸发了。为什么你的water.itp是sobtop生成的，而没按http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20所说用现成的合理的水模型呢？换完水模型可以先不加溶质只模拟两相溶剂界面，正常了再加溶质。

作者
Author: Julia 时间: 2025-4-2 21:19

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-2 21:00
现在明显是水相蒸发了。为什么你的water.itp是sobtop生成的，而没按http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ2 ...

原来如此，谢谢您！因为我别的小分子分子力场用的都是GAFF力场，添加水模型的话是不是要在top文件中include水模型对应的另一个力场文件？我之前用的是gromos力场，但GAFF和Gromos好像不兼容，就运行不起来。如果引用水模型的话我的top文件应该怎么修改呢？

作者
Author: tptp 时间: 2025-4-3 06:45

Julia 发表于 2025-4-2 21:19
原来如此，谢谢您！因为我别的小分子分子力场用的都是GAFF力场，添加水模型的话是不是要在top文件中inclu ...

在拓扑文件里引入力场，然后引入力场的某个水的拓扑。比如amber力场的

作者
Author: Julia 时间: 2025-4-3 10:12
本帖最后由 Julia 于 2025-4-3 10:20 编辑

tptp 发表于 2025-4-3 06:45
在拓扑文件里引入力场，然后引入力场的某个水的拓扑。比如amber力场的

谢谢您！确实是这个原因，我用了amber力场下的TIP3P水模型就没有成团簇了，但分相还是有问题，10ns的md模拟跑完后结构变成这样了：C:\Users\33156\Desktop\毕业吧\gromacs

作者
Author: Julia 时间: 2025-4-5 23:21

tptp 发表于 2025-4-3 06:45
在拓扑文件里引入力场，然后引入力场的某个水的拓扑。比如amber力场的

老师您好，我想问一下出现上面这种情况该怎么解决呢？

作者
Author: tptp 时间: 2025-4-6 10:38
做两相体系你Z方向上不要设置周期性，要不然就会变成水一层油一层水一层油一层这种千层饼结构了。这个问题应该是你用packmol建模的时候坐标没搞好？

作者
Author: Julia 时间: 2025-4-7 10:15

tptp 发表于 2025-4-6 10:38
做两相体系你Z方向上不要设置周期性，要不然就会变成水一层油一层水一层油一层这种千层饼结构了。这个问题 ...

我盒子周期性确实设置的是pbc=xyz，是要改称pbc=xy吗？packmol建模建的是两相分开的模型，盒子上半部分是有机相，下半部分是水相。谢谢您，为试一下

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