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标题: 求助:packmol生成盒子跑完em纤维素为什么不在盒子中间 [打印本页]

作者
Author:
马天湉    时间: 2025-4-1 10:53
标题: 求助:packmol生成盒子跑完em纤维素为什么不在盒子中间
本帖最后由 马天湉 于 2025-4-1 10:53 编辑

已经限制了纤维素在盒子中间 但是跑完em纤维素不在盒子中间是为什么?

作者
Author:
含光君    时间: 2025-4-1 11:18
packmol的input文件又不控制gmx运行,用gmx跑em分子位置当然会有变化。

你想gmx跑完后还在盒子中心直接gmx trjconv 后面加上 -center 就行了
作者
Author:
马天湉    时间: 2025-4-1 15:11
含光君 发表于 2025-4-1 11:18
packmol的input文件又不控制gmx运行,用gmx跑em分子位置当然会有变化。

你想gmx跑完后还在盒子中心直接g ...

感谢!!




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