计算化学公社

标题: 如何实现多肽与蛋白的动力学模拟？ [打印本页]

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2025-3-31 16:24
标题: 如何实现多肽与蛋白的动力学模拟？
我想对一个多肽KTNDNA和蛋白质进行100 ns的动力学模拟。目前我有三个想法，但是都存在不清楚的点，可以麻烦老师帮我看看哪个思路是正确的？遇到的问题又该如何解决呢？
1.利用多肽的SMILES生成多肽的gro和itp文件，将肽的gro文件粘贴到蛋白后面。但是存在一个问题就是如何生成多肽的gro文件？
2.利用MOE对接多肽与蛋白，然后将对接结果导入到GROMACS中进行模拟。但是存在一个问题是对接后的结构GROMACS不能识别？
3.利用pymol将蛋白与多肽共同拽到一起，导出复合物的pdb文件，导入到gromacs中，这种方式gromacs是识别的，但是不知道这样跑是否正确？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-1 01:08
模拟多肽和模拟普通蛋白质在流程上没有丝毫区别，蛋白质本来就是多肽，只不过聚合度很高罢了

如果你已经有多肽的序列而没有结构文件，按下文创建
几种基于氨基酸序列构建很简单蛋白质三维结构的工具
http://sobereva.com/687（http://bbs.keinsci.com/thread-40331-1-1.html）

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2025-4-1 09:06

sobereva 发表于 2025-4-1 01:08
模拟多肽和模拟普通蛋白质在流程上没有丝毫区别，蛋白质本来就是多肽，只不过聚合度很高罢了

如果你已经 ...

想再请教一下sob老师，如何解决分子GROMACS的pdb2gmx识别不到分子对接后的配体肽的UNL问题呀？要把 UNL换成什么才可以被识别呢？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2025-4-1 11:22
2和3都可以，不过更简单是用alphafold3直接生成复合物去跑动力学（假如af3预测出的结构可靠）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-1 21:33

刘梦琪发表于 2025-4-1 09:06
想再请教一下sob老师，如何解决分子GROMACS的pdb2gmx识别不到分子对接后的配体肽的UNL问题呀？要把 UNL换 ...

先搞清楚pdb2gmx的运行原理、什么叫rtp文件。有了这样的常识自然就知道怎么回事了
http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20也专门提了一句

蛋白质（包括普通的小肽）、核酸：这些生物分子应当用pdb2gmx产生专门的力场的拓扑文件。因为pdb2gmx会恰当加氢、对末端残基进行特殊考虑、对力场支持的残基指认专门定义的原子电荷，明显处理得更为周到（但不少没常识的初学者乱用pdb2gmx也是个常见问题，甚至居然以为什么拓扑文件都能靠pdb2gmx产生。始终记得pdb2gmx能产生拓扑文件的体系仅仅限于体系中的残基都是在力场目录下的rtp文件里定义过的情况）。

作者
Author: 日月崇光 时间: 2025-4-2 14:36

刘梦琪发表于 2025-4-1 09:06
想再请教一下sob老师，如何解决分子GROMACS的pdb2gmx识别不到分子对接后的配体肽的UNL问题呀？要把 UNL换 ...

用pdb2gmx生成力场的时候将蛋白质和多肽的力场分开生成

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)