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标题: 请教各位老师关于水中rdf(O-O)和rdf(H-O)的问题 [打印本页]

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xxx127    时间: 2025-3-28 23:17
标题: 请教各位老师关于水中rdf(O-O)和rdf(H-O)的问题
rdf(O-O)中的第一个峰形成原因是氢键,rdf(H-O)第一个峰形成原因是是水分子中H-O键,而第二个峰形成原因是氢键。
那rdf(O-O)中的第一个峰和rdf(H-O)第二个峰是不是应该横纵坐标都相差不大,但是我简单实验了一下为什么两者间还是有一定差距的。

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Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-3-29 11:05
形成O-H···O氢键仅需原子坐标满足http://bbs.keinsci.com/thread-45545-1-1.html二楼所说的几何判据,不要求三原子一定共线,自然不存在对应rdf峰“相差不大”的说法。
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xxx127    时间: 2025-3-29 12:20
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-29 11:05
形成O-H···O氢键仅需原子坐标满足http://bbs.keinsci.com/thread-45545-1-1.html二楼所说的几何判据,不 ...

明白了 ,即:两个峰形成原因都是氢键和两个峰的形态无关并不矛盾。
还想进一步请教一下,如果我要分析氢键,用O-O好些还是H-O呢?
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Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-3-29 13:46
xxx127 发表于 2025-3-29 12:20
明白了 ,即:两个峰形成原因都是氢键和两个峰的形态无关并不矛盾。
还想进一步请教一下,如果我要分析 ...

分析氢键的具体什么?氢键除了几何特征以外还有数量、寿命等,可以看看GROMACS手册对gmx hbond指令功能的介绍。RDF是从原子径向分布角度统计的全体系的结构特征,并不只表现氢键的形成;如果你只关心氢键,用gmx hbond就能直接获得距离或者角度分布。
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xxx127    时间: 2025-3-29 14:10
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-29 13:46
分析氢键的具体什么?氢键除了几何特征以外还有数量、寿命等,可以看看GROMACS手册对gmx hbond指令功能的 ...

哦哦,是我表述不清。
我关心的是全体系的结构特征,例如O-O径向分布第一个峰除了表现氢键的形成还能表现哪些呢?
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Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-3-29 16:44
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-3-29 17:06 编辑
xxx127 发表于 2025-3-29 14:10
哦哦,是我表述不清。
我关心的是全体系的结构特征,例如O-O径向分布第一个峰除了表现氢键的形成还能表 ...

……我不知道你期待的“还能表现哪些”的答案长什么样。RDF的峰说明离参考原子某某距离的壳层内被统计原子的密度较大,这是包括体系里水模型及其相互作用、热运动温度等很多动态因素影响的最终结果。至于把它与氢键联系起来,我觉得单从论证的严谨性而言,至少得观察过轨迹确认有氢键、按氢键几何判据统计距离分布以后发现其峰与RDF峰的位置比较相符,才能下“RDF这个峰有部分由形成氢键来贡献”之类的结论,即使这确实也是公认常识……

编辑:表征液相体系结构特点的一般方法挺多的,也不必只抓着RDF不放,可以看看Nat Rev Phys 1, 333–348 (2019)这篇综述。
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xxx127    时间: 2025-3-29 21:46
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-29 16:44
……我不知道你期待的“还能表现哪些”的答案长什么样。RDF的峰说明离参考原子某某距离的壳层内被统计原 ...

感谢老师的耐心回复!





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