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标题: Gromacs调优后的速度参考 [打印本页]

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Author: Graphite 时间: 2025-3-27 22:52
标题: Gromacs调优后的速度参考
本帖最后由 Graphite 于 2025-3-27 23:11 编辑

最近经常看到各种巨慢模拟，例如十万原子50ns用显卡跑几天...实在看不下去了，还是发一下Gromacs的调优后正常的速度，对于其他软件也可以略微引申推理。对于老鸟来说应该是老生常谈，但是应该有人需要。

对于1 g/mL的平衡体系，2 fs步长，cutoff=1 nm的情况，例如常见的蛋白质水溶液：

autodl，12 vCPU+3090能够做到1500-2000万原子*ns/天，也就是如20万原子，75-100 ns/天，或者100万原子，15-20 ns/天。（autodl没说是物理核心还是线程，不过基本等于线程）
autodl，12 vCPU+4090能够做到3000-4000万原子*ns/天。
笔记本低压CPU（R7-5800U）调用8线程（另外8线程闲置/办公），200万原子*ns/天。
服务器CPU（老EPYC，约2.0-2.4 GHz）调用32线程（其余线程闲置/办公），700-800万原子*ns/天。

如果步长1 fs，以上数值减半。
如果密度增加，速度约以密度的平方倍衰减，例如密度1.5 g/mL时，速度只有一半左右。
如果不能做到-update gpu（有freeze group等情况不能-update gpu），数值同样会显著减少。

调优是一个比较复杂的事情，对于不同尺寸和特性的体系、不同的机器和环境，都有不同的情况——要看计算具体哪部分是瓶颈（update/bonded/nb/pme等），对应什么机器资源。CPU/GPU/内存/硬盘（很少情况下）都要考虑，是一个要考虑系统性、全面性的问题。可以参考http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html。

不过如果只有以上说的几分之一的速度，那么软件安装/配置问题和使用问题，多少是沾一样的。gromacs对于GPU的调度还是可以的，也可以看nvidia-smi dmon，如果利用率不足50%，多半也是有大问题。

题外话之一：Amber、NAMD等效率不同，但趋势亦类似，LAMMPS这玩意不在讨论之列，不过都用LAMMPS整活了，应该也没那么在意效率吧（笑）

题外话之二：如果你目光准、熟悉调优、通过API弹性调用各种计算资源...那么相比于一次性买硬件，最大化地拉取和榨干远程资源，成本不到20%...

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