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标题: 分子动力学模拟时用了高配置的GPU电脑，跑的时间还是很长该怎么办呀？ [打印本页]

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2025-3-27 13:24
标题: 分子动力学模拟时用了高配置的GPU电脑，跑的时间还是很长该怎么办呀？
分子动力学模拟时使用了1N5X蛋白的A链，与肽做分子动力学模拟，
我用了高配置的GPU电脑（平时跑小一点的蛋白100 ns只需要3天），但是我跑这个蛋白的时候时间很长，100 ns需要快两个星期，想问一下这种情况有缩短时间的办法吗？因为我比较着急想要数据结果。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-27 20:23
用更好的机子
减小体系原子数，如更小的盒子
确保mdp参数得当，如rvdw没有无必要地过大
确保运行方式得当，没有浪费GPU性能（如CPU拖后腿、用的Windows版、用的gromacs很老版本等）
粗粒化

作者
Author: Graphite 时间: 2025-3-27 22:22
下载了下1N5X.pdb，按照两边留2 nm是3930 nm^3，填满水大概40万原子。
根据多个平台的调优经验，使用3080，充分调优下，一天能刷到2000万原子纳秒，100 ns要2天左右，使用4090能够做到3500万原子纳秒，1天左右。使用市面上比较划算的计算平台，单体系100 ns的算力成本大概40-60元。

充分调优指：1.0 nm左右cutoff，做到-update/pme/nb/bonded gpu，2 fs步长，GPU综合利用率80%以上。

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2025-3-31 16:54

sobereva 发表于 2025-3-27 20:23
用更好的机子
减小体系原子数，如更小的盒子
确保mdp参数得当，如rvdw没有无必要地过大

sob老师，我用的是1 nm3的盒子，因为我的蛋白残基有1000多个氨基酸，请问老师盒子缩小到多少合适呢？我使用的是2020版本的GROMACS,请问老师需要换成最新的版本吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-31 17:32

刘梦琪发表于 2025-3-31 16:54
sob老师，我用的是1 nm3的盒子，因为我的蛋白残基有1000多个氨基酸，请问老师盒子缩小到多少合适呢？我使 ...

每边各留1nm

用至少2023版

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