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标题: 为什么我的 autodock 在grid时总是不能保存为gpf文件 [打印本页]

作者
Author: 大大大大大宝 时间: 2017-3-8 20:59
标题: 为什么我的 autodock 在grid时总是不能保存为gpf文件
求教各位大神，为什么我的 autodock 在设置box时，grid时总是不能保存为gpf文件？我设置box大小后，点击close saving current 后生成一个没有格式的文件，
PS:------------我的配体是一个氨基酸与铜离子结合在一起的结构，我是这样增加的参数，复制CU参数至AD4-parameters.dat文件，保存为txt文本格式后，再修改后缀为dat,再复制到一个单独的文件夹与autodock和autogrid与要处理的分子放在一起，但是在后面docking步骤需要的docking parameters的时候需要的是dpf文件，在网上查到生成dpf文件是这样的
------------Autodock4(只能通过ADT中python脚本)：
$pythonsh $adtpy/prepare_dpf4.py -r macro.pdbqs -l lig.pdbqt -p ga_num_evals=25000000 -p ga_run=100 -p ga_pop_size=300
注：
也可以由python脚本中的dpf3_to_dpf4.py来将autodock3的gpf文件转化。
-p parameter=value：输入参数值
注：
此处生成的dpf需要编辑其中的参数，对遗传算法的精度进行设置。dpf文件中参数设置：
其中，"ga_num_evals"和"ga_num_evaluations"用于限定程序收敛条件，决定运算费时长短。
'ga_' 起始行参数：genetic algorithm
'sw_' 起始行参数：Solis and Wets local search method
ga_num_evals=25000000 Torsions<10，设定为2.5e5 － 2.5e7；Torsions>10，设定为2.5e7（默认2.5e6)
ga_run=100 最好在50以上（默认10）
ga_pop_size=300（默认150）
sw_max_its=3000（默认300）
----------------------------------------------------
因为我想这是在Linux系统下可以在python中直接输入这些语言，但是我是在win10系统中安装的，不知道怎么操作
------------
感觉很繁琐，谢谢各位的goodness and patience

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-3-8 21:14
gpf文件可以用AutoDockTools生成，不必要用python脚本罢。

作者
Author: 大大大大大宝 时间: 2017-3-8 21:16

ChrisZheng 发表于 2017-3-8 21:14
gpf文件可以用AutoDockTools生成，不必要用python脚本罢。

你好，我就是用autodock tools1.5.6生成出来的文件没有格式，不是gpf文件

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2017-3-8 21:22

大大大大大宝发表于 2017-3-8 21:16
你好，我就是用autodock tools1.5.6生成出来的文件没有格式，不是gpf文件

那你有没有看看里面的内容呢，如果内容是对的，不用管后缀名，因为autogrid4也不管后缀名罢。

作者
Author: cp45899 时间: 2017-5-14 22:11
试试生成后自己加上后缀.gpf？

作者
Author: zjuhjx 时间: 2017-5-15 01:32
我觉得在linux里面，你要设置一下环境变量就OK 了，建议看看官方网站的教程啦。

作者
Author: 大大大大大宝 时间: 2017-5-16 15:06

zjuhjx 发表于 2017-5-15 01:32
我觉得在linux里面，你要设置一下环境变量就OK 了，建议看看官方网站的教程啦。

我是在Windows系统里面

作者
Author: therotyonth 时间: 2017-5-19 09:34
你把你的输出报错发出来看看吧！
目前我能估计到的问题是参数文件里面没有相应的铜的参数。

作者
Author: zjuhjx 时间: 2017-5-22 20:45

大大大大大宝发表于 2017-5-16 15:06
我是在Windows系统里面

奥，哈哈，我的经验是，我只在linux下面用脚本就很好用，要是在Windows下面，我只会用autodockGUI来做啦。

作者
Author: zjuhjx 时间: 2017-5-22 20:45

therotyonth 发表于 2017-5-19 09:34
你把你的输出报错发出来看看吧！
目前我能估计到的问题是参数文件里面没有相应的铜的参数。

有的，这些有人总结啦。

作者
Author: 大大大大大宝 时间: 2017-7-25 17:36

therotyonth 发表于 2017-5-19 09:34
你把你的输出报错发出来看看吧！
目前我能估计到的问题是参数文件里面没有相应的铜的参数。

谢谢，是呀，我添加参数添加不进去

作者
Author: 大大大大大宝 时间: 2017-7-25 17:37

zjuhjx 发表于 2017-5-22 20:45
奥，哈哈，我的经验是，我只在linux下面用脚本就很好用，要是在Windows下面，我只会用autodockGUI来做啦 ...

有空研究一下

谢谢

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