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标题: 离子液体模拟得到的密度和实验值相差较大，和实验值有5%左右的误差，这个误差能接受吗 [打印本页]

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Author: 方方方 时间: 2025-3-26 18:04
标题: 离子液体模拟得到的密度和实验值相差较大，和实验值有5%左右的误差，这个误差能接受吗
在经历高温淬火-退火-NPT（1ns）模拟后，得到的模拟均值约为1.65g/cm3左右，和实验值1.23g/cm3还有5%左右的误差，请问各位老师这个误差能接受吗，采用的力场是带0.8缩放电荷的OPLS-AA力场。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-27 21:25
差异何止是5%。完全不能接受。真的只差5%还有商量

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Author: 方方方 时间: 2025-3-28 15:23

sobereva 发表于 2025-3-27 21:25
差异何止是5%。完全不能接受。真的只差5%还有商量

不好意思sob老师，我少打了一个1，是1.165

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-28 16:31

方方方发表于 2025-3-28 15:23
不好意思sob老师，我少打了一个1，是1.165

勉勉强强。也可以测试sobtop产生GAFF或GAFF2的拓扑文件结合Multiwfn算的RESP2(0.5)电荷的组合

作者
Author: 方方方 时间: 2025-3-30 13:24

sobereva 发表于 2025-3-28 16:31
勉勉强强。也可以测试sobtop产生GAFF或GAFF2的拓扑文件结合Multiwfn算的RESP2(0.5)电荷的组合

好的sob老师，我这边试试

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Author: 方方方 时间: 2025-4-23 12:27

sobereva 发表于 2025-3-28 16:31
勉勉强强。也可以测试sobtop产生GAFF或GAFF2的拓扑文件结合Multiwfn算的RESP2(0.5)电荷的组合

sob老师，我计算了RESP2(0.5)的电荷，我看这篇文章里也有说https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.5b00689使用GAFF力场时，采用了0.8的电荷缩放，那么RESP2(0.5)的电荷是否也需要同样的操作呢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-23 12:35

方方方发表于 2025-4-23 12:27
sob老师，我计算了RESP2(0.5)的电荷，我看这篇文章里也有说https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.5 ...

不缩放，倘若真发现了结果不理想到时候再说，而且即便缩放也未必0.8是合适的值

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Author: 方方方 时间: 2025-4-23 12:54

sobereva 发表于 2025-4-23 12:35
不缩放，倘若真发现了结果不理想到时候再说，而且即便缩放也未必0.8是合适的值

好的sob老师，我先跑一下密度试试

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Author: 方方方 时间: 2025-4-23 17:39

sobereva 发表于 2025-4-23 12:35
不缩放，倘若真发现了结果不理想到时候再说，而且即便缩放也未必0.8是合适的值

感谢sob老师，我用了这个方式计算之后的密度是1.24，和实验值已经很接近了。此外我有个问题想问一下sob老师，GAFF力场+1.2*CMF电荷的热力学和输运性质，计算出来的结果都和实验比较接近了，为什么还是有相当多的离子液体模拟都是采用的OPLS-AA/0.8IL的力场呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-23 21:30

方方方发表于 2025-4-23 17:39
感谢sob老师，我用了这个方式计算之后的密度是1.24，和实验值已经很接近了。此外我有个问题想问一下sob老 ...

历史原因、研究者惯性原因

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Author: 方方方 时间: 2025-4-24 10:58

sobereva 发表于 2025-4-23 21:30
历史原因、研究者惯性原因

好的，谢谢sob老师

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