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标题: 求助在超算中安装GaMD过程中无法一键打补丁是环境配置问题吗？ [打印本页]

作者
Author: Nancylee0416 时间: 2025-3-25 20:19
标题: 求助在超算中安装GaMD过程中无法一键打补丁是环境配置问题吗？
本帖最后由 Nancylee0416 于 2025-3-25 20:20 编辑

想在超算平台里使用AMBER做膜蛋白的长时间模拟和分析，AMBER之前使用可以提交任务运行，但是安装GaMD时出现问题，无法一键打补丁，也无法进行后续编译。

目前环境配置AMBER20，AmberTools21，openmpi 4.1.0，gcc 7.5，Cuda 10.0，python 3.9；cmake文件夹miniconda的python版本是3.10.
编译环境：Red Hat 4.8.5-44, x86_64

环境变量里添加以下地址
source /data/home/soft/amber/amber20_src/amber.sh
export AMBERHOME=~/data/home/soft/amber/amber20_src
export LD_LIBRARY_PATH=$AMBERHOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$AMBERHOME/bin:$PATH
使用以下语句调用
module load openmpi/4.1.0_gcc7.5_cuda10.0
source /data/home//soft/amber/amber20_src/amber.sh

安装GaMD patch时
./update_amber –update之后显示unknown arguments
patch -p0 < amber14_GaMD_patch_confidential.txt 没法一键打补丁
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(, 下载次数 Times of downloads: 15)

求助是环境或者版本问题吗？

作者
Author: student0618 时间: 2025-3-25 20:47
本帖最后由 student0618 于 2025-3-25 20:51 编辑

Amber 20内建了GaMD哦，直接用Amber就可以了，不用打补丁。
见开发者官网：
https://www.med.unc.edu/pharm/mi ... /gamd/installation/
(, 下载次数 Times of downloads: 17)

作者
Author: c00jsw00 时间: 2025-3-25 21:40
請使用amber 24 and 現在只需要在https://ambermd.org/GetAmber.php這裡下載code

作者
Author: Nancylee0416 时间: 2025-3-31 15:56

student0618 发表于 2025-3-25 20:47
Amber 20内建了GaMD哦，直接用Amber就可以了，不用打补丁。
见开发者官网：
https://www.med.unc.edu/pha ...

啊感谢感谢是在用amber20 只是in文件里能体现出来GaMD

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