计算化学公社

标题: lammps运行在弛豫过程中报错 Bond atoms 4812 4815 missing on proc 7 at step 1 [打印本页]

作者
Author: huangzi 时间: 2025-3-24 14:59
标题: lammps运行在弛豫过程中报错 Bond atoms 4812 4815 missing on proc 7 at step 1
lammps运行在弛豫过程中，就已经报错 Bond atoms 4812 4815 missing on proc 7 at step 1 (../ntopo_bond_all.cpp:59)
，已经检查了参数设置，以及修改了步长，还是出现问题，想问下大家如何改正呢？

作者
Author: TerminSong 时间: 2025-3-24 16:46
原子4815: MAN！

10E29的力什么概念啊

拓展小知识：lammps的exchange函数在不同处理器之间交换本地原子的时候，只和与最近邻的处理器网格交换，所以如果你在某个维度上给的核心太多，而这个方向上原子速度又太快，导致原子坐标超过了近邻处理器网格的捕获范围，这个原子就会直接丢掉，并不是很多人以为的只有在边界才会丢。

当然，你这个应该是在这之前的问题，原子之间已经直接重叠了，估计哪怕是单核算这个原子都会直接丢的

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-25 22:57
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “lammps分子动力学模拟” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: huangzi 时间: 2025-5-8 14:51

TerminSong 发表于 2025-3-24 16:46
原子4815: MAN！

10E29的力什么概念啊

那这个友友有什么解决的方法吗，我刚上线看到消息，不好意思，现在还是有这样的问题

作者
Author: TerminSong 时间: 2025-5-12 18:21

huangzi 发表于 2025-5-8 14:51
那这个友友有什么解决的方法吗，我刚上线看到消息，不好意思，现在还是有这样的问题

原子重叠了，你用来建模的辅助程序可能参数设置上有点问题，你应该不是直接把两个文件和在一起作为输入吧。

作者
Author: huangzi 时间: 2025-5-13 10:54

TerminSong 发表于 2025-5-12 18:21
原子重叠了，你用来建模的辅助程序可能参数设置上有点问题，你应该不是直接把两个文件和在一起作为输入吧 ...

我是在ms里面将所有组分放在一个盒子里建模，然后用cvff力场导出了data文件，之后在该data文件的基础上将参数换成了opls力场下的参数，只修改了四个参数设置，其他的还是先前导出data文件的信息

作者
Author: huangzi 时间: 2025-5-13 11:00

TerminSong 发表于 2025-5-12 18:21
原子重叠了，你用来建模的辅助程序可能参数设置上有点问题，你应该不是直接把两个文件和在一起作为输入吧 ...

之前先用0.001fs跑了一下，就可以跑的下来，之后将timestep增大到1fs或者0.1fs就会报错原子丢失

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