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标题: 求助：为什么做分子动力学模拟一般先跑NVT再跑NPT比较好呢？ [打印本页]

作者
Author: Lisy 时间: 2025-3-23 16:27
标题: 求助：为什么做分子动力学模拟一般先跑NVT再跑NPT比较好呢？
我用gromacs模拟了一个均相电解液体系，做完能量最小化之后先跑NVT再跑NPT，可是审稿人问为什么要先跑NVT再跑NPT，而不是反过来，我应该怎么去回答呢？谢谢各位老师！

作者
Author: student0618 时间: 2025-3-23 18:58
不是“一般”哦，分两步其实并非必要，也要看目的。

Production MD是用NPT ensemble的话前一步的equilibration自然是要NPT的。

而且特定情况是用NVT作production 的话用NPT relax density以后会换回NVT equilibration再NVT production。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-24 10:15
没有特殊目的一律不要做NVT
你这种体系先做NVT本来就是完全多余的，而如果从NPT最后切换到NVT也是多余的，总之都是多余。

作者
Author: Lisy 时间: 2025-3-24 14:53

sobereva 发表于 2025-3-24 10:15
没有特殊目的一律不要做NVT
你这种体系先做NVT本来就是完全多余的，而如果从NPT最后切换到NVT也是多余的， ...

谢谢sob老师，请问是不是只用NPT已经能实现较好的控温控压了，只有在那种有需要固定界面的体系没办法用NPT才需要用NVT呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-25 00:03

Lisy 发表于 2025-3-24 14:53
谢谢sob老师，请问是不是只用NPT已经能实现较好的控温控压了，只有在那种有需要固定界面的体系没办法用NP ...

必须用或者适合用NVT的情况不少，你说的是其中之一

作者
Author: ljh123 时间: 2025-4-12 19:02
先跑NPT看看，如果正常跑就只跑NPT就行。不过有时候体系太大了，初始结构又不合理，直接跑NPT会直接炸，这时候可以用NVT高温弛豫一会儿再跑。

作者
Author: 二分音符 时间: 2025-4-12 20:26
对于均相体系，先跑NPT调好密度再跑NVT一般是为了减少计算量（NVT更快），但是对于这种体系现在的算力都溢出了，所以没什么必要。你可以说先跑NVT是为了预平衡，NPT是为了准。

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