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标题: 相互作用能提取所选group轨迹后计算执行gmx energy没有Disper.corr.项 [打印本页]

作者
Author: cgy 时间: 2025-3-22 22:07
标题: 相互作用能提取所选group轨迹后计算执行gmx energy没有Disper.corr.项
各位老师好，在执行gmx energy没有Disper.corr.项，具体操作按照网上这篇来的，如P1.
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我的具体语句是：

gmx make_ndx -f nvt-f.tpr -o index.ndx

以下两步都选择了我所选的BSA组

gmx trjconv -f nvt-f.trr -s nvt-f.tpr -n index.ndx -o p.trr

gmx convert-tpr -s nvt-f.tpr -n index.ndx -o p.tpr

gmx mdrun -s p.tpr -rerun p.trr -e p.edr

gmx energy -f p.edr -o p-Coul-recip.xvg在最后出现P2的10个能量选择，并没有Disper.corr.项，请问老师是什么原因，谢谢老师。

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作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-23 08:26
不知道你要Disper.corr.项做什么，提取这项一般没什么实际意义。并且先搞清楚什么是Disper.corr.项，你在mdp里不开色散校正自然就没这项。

PS：不要盲目、教条式地效仿网上乱七八糟的教程，网上很多教程写得都很不好，不仅做法莫名其妙（很多都不合理），还不加以解释，令初学者犯糊涂。而在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里，色散校正的相关背景知识和用法都有很具体讲解，什么时候该用、不该用都说得很清楚。

作者
Author: cgy 时间: 2025-3-23 09:27

sobereva 发表于 2025-3-23 08:26
不知道你要Disper.corr.项做什么，提取这项一般没什么实际意义。并且先搞清楚什么是Disper.corr.项，你在md ...

谢谢老师，我再学习一下色散矫正的相关知识

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