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标题: 请教关于Martini3中珠子尺寸选择的问题 [打印本页]

作者
Author: jrfjrf123 时间: 2025-3-21 18:27
标题: 请教关于Martini3中珠子尺寸选择的问题
本帖最后由 jrfjrf123 于 2025-3-21 18:39 编辑

之前我在论坛上也提出了一些关于这个主题的问题：http://bbs.keinsci.com/thread-52004-1-1.html，
其中主要讨论了密度和RDF不匹配的问题

之后进行了一些验证，发现在直链聚合物上，尽可能的取大尺寸的Martini珠子能更好的还原AA模型中的溶剂可及表面积（SASA）
列如对于PTMG：

(, 下载次数 Times of downloads: 26)

将其划分为： (, 下载次数 Times of downloads: 23) 这样的模型

上面的珠子划分会优于： (, 下载次数 Times of downloads: 31)

在相同的探针尺寸（0.191nm，取自文献[1]推荐）下，前者的SASA为与对应的AA模型的SASA的偏差为3.3%，后者为6.24%。

而如果将探针尺寸进一步缩小，根据我对SASA算法原理的理解，应该就能近似得到其vdw表面积
如果取探针尺寸为0.01nm，前者的vdw_surf=19.074，后者为15.7，与对应AA模型的vdw_surf偏差分别为4.69%和13.65%
因此我可以推断，第一个CG模型更适合PTMG

但更进一步的，对MDI：

(, 下载次数 Times of downloads: 29)

的粗粒化过程中我发现，选择T珠子作为芳香环的粗粒化珠子获得的以下三种模型，其CG模型的SASA与AA模型的SASA都有7%的偏差：

model1: (, 下载次数 Times of downloads: 26) ,
model2: (, 下载次数 Times of downloads: 28) ,
model3: (, 下载次数 Times of downloads: 27)

而且其vdw_surf偏差也均在13%左右。进一步我用蒙特卡洛方法计算了model2，model3的的CG与AA模型的vdw体积，偏差达到了42%，
这明显会造成CG模型的密度会显著小于AA模型的密度

因此我想请教一下大家是否有发现这样的现象，该如何解决在Martini3 粗粒化框架下密度不匹配的问题

[1] SOUZA P C T, ALESSANDRI R, BARNOUD J, et. al.. Martini 3: a general purpose force field for coarse-grained molecular dynamics[J/OL]. Nature Methods, 2021, 18(4): 382-388. DOI:10.1038/s41592-021-01098-3.

作者
Author: jrfjrf123 时间: 2025-4-17 09:06
更新一下之前的研究，发现苯环使用T珠子的效果不如使用S珠子的效果：
(, 下载次数 Times of downloads: 22)

这个模型的sasa也和全原子模型的最接近：

(, 下载次数 Times of downloads: 27)

有理由相信，在Martini3力场映射选择中，苯环上使用S珠子在维持分子外形上更具有优势，
这个映射方案也是和Martini2 的映射方案类似

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