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标题: 想请教一下怎么用cp2k结合plumed做伞形采样 [打印本页]

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-3-19 17:08
标题: 想请教一下怎么用cp2k结合plumed做伞形采样
在之前的帖子中需要计算一个锂离子从溶剂中脱出来的去溶剂化能，之前用的是metadynamics采样。现在想用cp2k来做一下伞形采样，但是好像没有特别好的例子。想请教一下，怎么做。这里比较奇怪的是以配位数为纵坐标的时候，发现没有势垒出现。想问下这是怎么回事，用伞形采样会好一些么。

作者
Author: ljh123 时间: 2025-3-19 17:19
标记一下，我也挺好奇的伞形采样的效果的。元动力学有个很烦的问题，就是存在正交方向的反应。这导致模拟会陷在局部极小点。听说伞形采样这点控制比较好

作者
Author: 丁越 时间: 2025-3-20 08:58
本帖最后由丁越于 2025-3-20 14:52 编辑

d: DISTANCE ATOMS=cring,cmol COMPONENTS
fixatm: FIXEDATOM AT=1.984,6.123,2.032
dw: DISTANCE ATOMS=cmol,fixatm
uwall: UPPER_WALLS ARG=dw AT=0.5 KAPPA=1000.0
r: RESTRAINT ARG=d.y KAPPA=2000.0 AT=0.607
PRINT ARG=d.y,r.bias,uwall.bias FILE=CLAVR_1 STRIDE=1000

复制代码

定义好反应坐标后，使用RESTRAINT关键词设置在位置AT处的限制势。然后建立这样的多个plumed.dat文件定义不同反应坐标AT处的值，跑完后通过wham等程序合并窗口就行。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2025-3-20 09:55
你的需求也许可以通过CP2K自带的thermodynamic integration来解决，如果你要用的collective variable较简单的话。如果collective variable较复杂的话，那就必须得通过plumed来了。

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-3-20 17:17

丁越发表于 2025-3-20 08:58
定义好反应坐标后，使用RESTRAINT关键词设置在位置AT处的限制势。然后建立这样的多个plumed.dat文件定义 ...

多谢

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-3-20 17:17

Daniel_Arndt 发表于 2025-3-20 09:55
你的需求也许可以通过CP2K自带的thermodynamic integration来解决，如果你要用的collective variable较简单 ...

谢谢

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