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标题: 求助：read data命令合并两个data文件 [打印本页]

作者
Author: yyyyya 时间: 2025-3-19 16:39
标题: 求助：read data命令合并两个data文件
我用read data 命令合并了两个data文件其中一个已经弛豫过但我已经把所有在盒子外面的原子都改到盒子里面了合并得到的data文件用ovito打开看起来没有问题也可以正常跑模拟但是我发现一旦点了unwrap trajectory 看起来就不太对了想问一下大家这样是合理的吗

作者
Author: hjz_ncepu 时间: 2025-3-21 15:51
您好，请问您合并的时候，有没有出现报错？我尝试用read data命令来合并TiO2底板和球形水分子，然后报错ERROR：Subsequent read data induced too many angles per atom (src/read_data.cpp:1763)。
我输入的in文件如下：
units       real
dimension    3
boundary       p p p
atom_style    full
neighbor       2.0 bin
neigh_modify delay 0 every 1 check yes

#read_data H2O-1.data extra/atom/types 2 extra/bond/per/atom 2  extra/angle/per/atom 1
read_data TiO2-001.data extra/atom/types 2 extra/bond/types 1  extra/angle/types 1

#create_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 &
            #extra/special/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1
#第二次调用read_data命令，读取Cu.data,offset关键字说明原子类型+1
#shift设置读取Cu模型后，Cu原子尺寸整体沿-y方向偏移22埃米

#read_data TiO2-001.data add append offset 2 0 0 0 0 #2的意思是将原子序号移动几个
read_data H2O-1.data add append group H2O offset 2 1 1 0 0 #2的意思是将原子序号移动几个

write_data he.data
水的data文件开头如下：LAMMPS data file via write_data, version 29 Aug 2024, timestep = 0, units = real

4110 atoms
2 atom types
2740 bonds
1 bond types
1370 angles
1 angle types

0 111.9 xlo xhi
0 111.9 ylo yhi
0 100.01 zlo zhi

Masses

1 15.9994
2 1.008
TiO2文件的开头如下：
LAMMPS Description

   32400  atoms
   21600  bonds
   0  angles
   0  dihedrals
   0  impropers

2  atom types
1  bond types
1 angle types
   0  dihedral types
   0  improper types

  0 111.9 xlo xhi
  0 111.9 ylo yhi
  0 100.01 zlo zhi

Masses

1 47.8670  # Ti
2 15.9994  #
想向您请教一下，我这样运行报错的原因是什么呢

作者
Author: Graphite 时间: 2025-3-21 17:07
这只是显示问题，因为wrap/unwrap只是调整显示的镜像flag，而合并的时候有时因为文件的flag并没有统一约定（换句话说“参考系”问题），所以偶有显示错误。
不过只要两个体系在合并时，总体的周期性关系本身没问题、能正常跑、跑出来的轨迹是合理的，就不用管它。

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