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标题: 求助：请问sobtop能处理两千多原子的体系吗 [打印本页]

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Author: Lisy 时间: 2025-3-18 15:21
标题: 求助：请问sobtop能处理两千多原子的体系吗
求助：请问sobtop能处理两千多原子的体系吗？我的体系有两千多个原子，载入sobtop显示原子数太多超过1000个，好像没办法生成top文件

作者
Author: yxdd98 时间: 2025-3-18 17:01
首先，如果你的体系是由多个单体组成的，那建议每个单体产生拓扑文件，不要把所有的都混在一起产生；其次假设你的2000多原子来自于一个单体，那sobtop也完全可以处理，仔细看提示，超过1000原子只是耗时多些，然后部分信息可能不输出到屏幕上而已，多等待一会，不影响拓扑文件生成

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-3-18 22:17
显然是可以的，我用sobtop生成过一万原子的材料的拓扑文件，一切顺利。当然，需要仔细确认当前之前对这个两千多原子的体系生成拓扑文件这步是合理的，如果是小分子组成的体系的话，应该直接对小分子生成拓扑文件。

作者
Author: 风沙 时间: 2025-4-7 22:38

Stardust0831 发表于 2025-3-18 22:17
显然是可以的，我用sobtop生成过一万原子的材料的拓扑文件，一切顺利。当然，需要仔细确认当前之前对这个两 ...

请问老师，我要对一个由两个单体组成的无规共聚物链生成拓扑文件，聚合度时1531，有12642个原子，我是应该对两个单体单独生成拓扑文件呢，还是可以直接对聚合物生成拓扑文件？我按着sob老师例5：产生聚合度为40的氯丁二烯聚合物的拓扑文件的步骤直接对聚合物生成拓扑文件时，MMFF94的原子电荷计算失败了

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-4-7 22:43
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-4-7 22:47 编辑

风沙发表于 2025-4-7 22:38
请问老师，我要对一个由两个单体组成的无规共聚物链生成拓扑文件，聚合度时1531，有12642个原子，我是应 ...

直接取个聚合度低一点的聚合物链，用dft算结构优化和单点，算RESP电荷（需要约束中间的那个重复单元净电荷为0）然后取中间的重复单元的原子电荷给聚合度更高的链的不处于两端的重复单元当原子电荷。

当然无规共聚物不能完全无规，可以不断重复“聚合度低一点的聚合物链”的“中间的重复单元”

作者
Author: 风沙 时间: 2025-4-7 22:51

Stardust0831 发表于 2025-4-7 22:43
直接取个聚合度低一点的聚合物链，用dft算结构优化和单点，算RESP电荷（需要约束中间的那个重复单元净电 ...

老师，我是刚接触计算化学，dft还不会，有什么其它稍微简单一点的方法吗，或者我可以用sobtop分别给两个单体生成聚合物再用？

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-4-7 23:13

风沙发表于 2025-4-7 22:51
老师，我是刚接触计算化学，dft还不会，有什么其它稍微简单一点的方法吗，或者我可以用sobtop分别给两个 ...

原子电荷计算是极其常用且必要的计算内容，可以看看这篇博文《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》（http://sobereva.com/441）
实在不行的话，用博文开头提到的那个脚本。

作者
Author: 风沙 时间: 2025-4-8 11:24

Stardust0831 发表于 2025-4-7 23:13
原子电荷计算是极其常用且必要的计算内容，可以看看这篇博文《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: slxc920113 时间: 2025-4-8 16:37

风沙发表于 2025-4-7 22:38
请问老师，我要对一个由两个单体组成的无规共聚物链生成拓扑文件，聚合度时1531，有12642个原子，我是应 ...

你可以试试使用AuToFF的聚合物模块：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/polymers

参考手册说明，https://autoff.readthedocs.io/en/latest/User%20Guide.html#d
用2d建模可以实现自定义的单体，无规共聚只需要在所有单体外面再套一层括号（不包括端基），把聚合类型改成eu就行，总的聚合度就是在里面的基础上继续乘以一个外层的系数。

(, 下载次数 Times of downloads: 38)

等价于这样的画法，都是对20个偏氟乙烯和40个全氟乙烯进行随机共聚。
(, 下载次数 Times of downloads: 42)

但是如果没有eu这个上标，第一张图的画法对应的是20个偏氟乙烯和40个全氟乙烯进行嵌段共聚。第二张图的画法对应于1个偏氟乙烯和2个全氟乙烯交替共聚20次。

作者
Author: 风沙 时间: 2025-4-8 16:45

slxc920113 发表于 2025-4-8 16:37
你可以试试使用AuToFF的聚合物模块：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/polymers

...

我用MS构建了这个聚合物链，但是在用sobtop生成聚合物拓扑文件调用openbabel计算原子电荷时出现错误，我不确定是sobtop无法对这种高聚合度的聚合物直接生成拓扑文件还是别的原因导致的

作者
Author: slxc920113 时间: 2025-4-8 16:53

风沙发表于 2025-4-8 16:45
我用MS构建了这个聚合物链，但是在用sobtop生成聚合物拓扑文件调用openbabel计算原子电荷时出现错误，我 ...

openbabel计算电荷的时候，会自动做结构优化的，如果结构太大就会容易卡住。而AuToFF会根据绘制的单体自动对聚合物进行切片处理，识别原子类型和计算电荷，并且会自动识别相同的片段，避免重复计算，所以速度会快非常多。最后再拼成完整的聚合物的拓扑文件。

作者
Author: 风沙 时间: 2025-4-8 17:32

slxc920113 发表于 2025-4-8 16:53
openbabel计算电荷的时候，会自动做结构优化的，如果结构太大就会容易卡住。而AuToFF会根据绘制的单体自 ...

我按同样的方法处理一个药物分子时调用openbabel是没问题的，说明openbabel的安装方式没问题。但是聚合物就不行，聚合物都是常见元素，成键方式也是常见的，但就是报错，我实在找不出原因，可能就像老师说的结构太大卡住了。
老师的意思是用Autoff不仅可以构建聚合物模型，也可以生成聚合物的拓扑文件？

作者
Author: slxc920113 时间: 2025-4-11 23:15

风沙发表于 2025-4-8 17:32
我按同样的方法处理一个药物分子时调用openbabel是没问题的，说明openbabel的安装方式没问题。但是聚合物 ...

可以，你自己试用一下就知道了，已经非常傻瓜化了。

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