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标题: 用cp2k做结构优化和频率计算的一些问题 [打印本页]

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轻舟~    时间: 2025-3-18 11:33
标题: 用cp2k做结构优化和频率计算的一些问题
学生在做2-吡啶甲酸的结构优化和频率计算时,遇到许多问题。比如在CCDC里下载2-吡啶甲酸的晶胞模型(.cif文件,CCDC号130513),之后导入Multiwfn中,会提示 Warning: At least one atom has occupancy smaller than 1! All atoms will be loaded regardless of their occupancies,忽略警告,输入cp2k,并命名一个.inp文件,然后选择-1, 4 Optimizing both structure and cell,(1,默认PBE),2, 11 6-311G**,3, 11 6-311G**,4,开OT,0,输出文件,之后.inp文件里&DFT里面的内容中有这么一条: MULTIPLICITY    2 #Spin multiplicity,后面的计算报错就跟此有关,我把.inp文件放到服务器中运行,开始还能计算,而且算出来了,但是把.restart文件继续投入Multiwfn中,构造一个2*2*2超胞后,使用一样的基组和方法以及色散,开启OT,注意到生成的.inp文件中&DFT中还是有MULTIPLICITY    2 #Spin multiplicity,投入服务器计算后不久直接报错,显示自选多重度有问题。于是,我采用了一个幼稚的方法,就是自行修改这个超胞文件里的自选多重度,但是依然报错。之后我认为是不是晶报文件是不是有问题,于是就从COD下载晶胞文件,COD号2007754,采用同样的做法,从2025年3月11日开始进行原胞的结构优化,直到现在依然没有算出来,学生不知道这个过程是不是有问题,现在依次把CCDC版本的.inp文件(1、js.inp),原胞输出文件(2、js.out),超胞.inp文件(3、jscb.inp),超胞.out文件(4、jscb.out);COD版本的.inp文件(5、js(COD产生).inp),COD版本的.out文件(内容太多只粘贴前两轮计算,命名为6、CODjs.out)放在帖子里,求大家解惑。

然后还有一个有关频率计算出现虚频的问题,这里也一并提问了。前几天我想研究烟酰胺-布洛芬共晶体,打算对这个具有383个原子的大型晶胞做结构优化和频率计算,因为原胞足够大,所以并没有再另设超胞,直接对原胞结构优化完就开始的频率计算,结构优化结束后,出现4个“Yes”,认为结构优化收敛,可以进行频率计算,所选基组和方法依然是PBE/6-311**,加入D3BJ色散,结构优化和频率计算均是如此,但花费十几天时间后,频率计算结束后发现出现3个虚频,不知道该如何处理,请求老师的解惑。

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Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-3-18 12:33
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-3-18 12:50 编辑

有原子分数占据/晶体学无序的情况又不做任何结构处理,后面的计算就失去意义了,包括自旋多重度的判断也是错误的(这种简单有机分子显然应当是单重态)。首先应当用VESTA检查哪些原子分数占据,适当删除调整至结构符合化学常识后再导入multiwfn生成CP2K输入文件。看了下COD号2007754的结构,分数占据出现在羧基和吡啶氮连的氢上;不过鉴于氢原子位置一般难以在X光衍射中测准(见http://sobereva.com/569讨论),应当在GaussView里删除所有氢原子、自动补氢,先做固定晶胞参数和重原子、仅优化氢原子的几何优化任务,再放开所有原子做变胞优化和振动分析等。

CP2K计算用6-311G**基组做一般的结构优化等任务并不合适,看http://bbs.keinsci.com/thread-18417-1-1.html的讨论,特别是9楼开始的部分。编辑:除非是后续要拿multiwfn做波函数分析,类似http://bbs.keinsci.com/thread-21742-1-1.html的操作,才适合考虑这种基组。(这篇文章也讲了仅优化氢原子的具体操作。)
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轻舟~    时间: 2025-3-18 15:40
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-18 12:33
有原子分数占据/晶体学无序的情况又不做任何结构处理,后面的计算就失去意义了,包括自旋多重度的判断也是 ...

好的,非常感谢




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