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标题: 计算自由连接链的均方末端距与理论不符 [打印本页]

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cmbsnr    时间: 2025-3-17 14:53
标题: 计算自由连接链的均方末端距与理论不符
本帖最后由 cmbsnr 于 2025-3-18 15:03 编辑

lammps刚刚上手,准备做些高分子的工作,因此选择一个小体系练习。
模拟一根链长为50、100、200、400的自由连接链,只设置bond_style为harmonic,其余pair、angle、dihedral的style均设置为none,模拟只有键长制约的自由链。
理论上的均方末端距Rg^2 = n * l^2,实际模拟结果除了链长为50的,计算出来的末端距与理论的有较大的差距,不知道问题出在哪里。

已经尝试修改步长,温度,以及系综,均没有改善,统计了lammpstrj文件中的键长和键角,也服从理论分布,排除随机数的问题。
附100的in文件和data文件,以及200的data文件如下,链长设置为4.48理论末端距值为44.8和63.36,实际上却只有33和39。 (, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 1)


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