lammps刚刚上手,准备做些高分子的工作,因此选择一个小体系练习。
模拟一根链长为50、100、200、400的自由连接链,只设置bond_style为harmonic,其余pair、angle、dihedral的style均设置为none,模拟只有键长制约的自由链。
理论上的均方末端距Rg^2 = n * l^2,实际模拟结果除了链长为50的,计算出来的末端距与理论的有较大的差距,不知道问题出在哪里。
已经尝试修改步长,温度,以及系综,均没有改善,统计了lammpstrj文件中的键长和键角,也服从理论分布,排除随机数的问题。
附100的in文件和data文件,以及200的data文件如下,链长设置为4.48理论末端距值为44.8和63.36,实际上却只有33和39。
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