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标题: 求助TIP4PEW的gro文件和top文件原子个数对不上 [打印本页]

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Author: zhijiu 时间: 2025-3-13 19:14
标题: 求助TIP4PEW的gro文件和top文件原子个数对不上
各位老师，您好，我用amberTools做了一个核酸+TIP4PEW+离子的体系，然后用gromacs跑能量最小化的时候，显示gro文件和top文件原子个数不匹配。我看了一下，TIP4PEW是四点水模型，gro的文件正好比top文件多了一些，就比如我加了1000个TIP4PEW，我的top里的molecules写的是WAT 1000；这个时候生成能量最小化tpr，显示gro比top多1000个原子，刚好就是水多的那个虚原子个数，请问这个问题该如何解决？

作者
Author: student0618 时间: 2025-3-13 19:30
水力场include了哪个？是正确的文件吗？

作者
Author: Lance先生 时间: 2025-3-13 21:35
水分子的tip4p.itp文件include正确的话应该不会出现该问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-14 04:42
问题莫名其妙，跟amberTools有什么直接关系，问题必须把所有细节交代完整

作者
Author: Kiteliberator 时间: 2025-3-14 14:48
可能是gmx pdb2gmx指令中的-water选项你没有选择tip4p水模型而选择了别的水模型，导致后续gmx solvate命令添加水分子时，gro文件正确添加，但是top文件没有添加

作者
Author: zhijiu 时间: 2025-3-15 15:36
问题解决了，用Amber做完体系，载入了TIP4P的力场，然后用acpype的指令将top文件转换成gromacs形式出了问题，转换出来是tip3p的力场文件，所以原子数对不上，用amber自带的指令parmed进行转换就没问题，转换出来是TIP4P的力场。

作者
Author: sarphuart 时间: 2025-5-1 21:00
可以 Linux 对 gro 采用 cat em.gro |awk '{print $0;if($2=="OW"){a=$1;b=$3;c=$4;d=$5;e=$6;}if($2=="HW2")printf("%8s MW %4d%8.3f%8.3f%8.3f\n",a,b,c,d,e)}' > newicebox.gro，插入第四个虚原子

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