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标题: 如何构建三层石墨烯结构 [打印本页]

作者
Author: shichenfeng 时间: 2025-3-13 18:23
标题: 如何构建三层石墨烯结构
请教各位老师，如何正确构建三层石墨烯结构呢，此外，使用该模型进行后续动力学模拟时，相应的top文件应是仅包含两个碳原子的石墨烯原胞呢，还是完整的六摊环结构呢？

作者
Author: Lance先生 时间: 2025-3-13 21:34
1.很多建模软件就能实现。
2.sobtop网址就有类似体系的详细介绍，可以看看，我记得是需要扩胞。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-14 04:20
1 用GaussView、Multiwfn等程序基于石墨的原胞进行扩胞并删除多余的层，只保留三层

2 如果你用GROMACS模拟，推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件，是把扩胞后的结构给sobtop而不是原胞的，因此包含所有碳原子

作者
Author: shichenfeng 时间: 2025-3-20 09:57
本帖最后由 shichenfeng 于 2025-3-20 10:04 编辑

sobereva 发表于 2025-3-14 04:20
1 用GaussView、Multiwfn等程序基于石墨的原胞进行扩胞并删除多余的层，只保留三层

2 如果你用GROMACS模 ...

非常感谢老师的回复。

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