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标题: 求助glycam力场的top文件生成 [打印本页]

作者
Author: userrr 时间: 2025-3-13 12:06
标题: 求助glycam力场的top文件生成
各位老师和前辈们好，我想用gromacs中模拟glycam的力场，想用自己的cellulose.mol2文件在ambertool转化成gromacs的top文件，leap.in是在运行tleap时的输入文件，显示识别不了mol2中的原子类型，然后我在glycam的官网上在线生成了一个new2.mol2的文件，同样也是用leap.in的输入文件，只是文件名改了，可以正常运行和生成文件，我对比了两个mol2文件，确实存在很大的差异，但是现在我不知道我自己的mol2文件能不能转成官网上生成的mol2的形式呢，这样就可以用自己的结构了，因为自己的结构比较大，在线不好构造也不好画，想问问各位大佬们能不能转化呢，或是有什么其他的方法嘛，谢谢

作者
Author: student0618 时间: 2025-3-13 15:22
同一问题不用贴那么多遍吧...

试试直接用AmberTools 的tleap 建模而不是Avogadro, 详见Amber手册。

或者手动改原子名/残基名

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