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标题: 求助做乳球蛋白和小分子的分子动力学模拟，审稿人问模拟过程中是如何优化的力场参数 [打印本页]

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2025-3-12 19:26
标题: 求助做乳球蛋白和小分子的分子动力学模拟，审稿人问模拟过程中是如何优化的力场参数
想请教一下各位老师，我再做乳球蛋白和小分子的分子动力学模拟的过程中，小分子用ATB网站生成的拓扑文件，在模拟过程中直接gmx pdb2gmx -f 1OHW.pdb -o 1OHW_processed.gro -water spc选择力场15.审稿人问我在模拟过程中是如何优化的力场参数，想问一下各位老师，力场不能直接选择默认的吗？我该如何优化呀？目前没有头绪

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-3-12 22:49
所以你力场参数是gaff来的还是怎么来的

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-13 07:34
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “分子动力学模拟力场参数优化” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-13 07:36
别说什么“选择力场15”，直接说选了什么力场，否则别人哪知道是什么力场，本来屏幕上显示的序号就和gromacs版本有关
力场哪有什么“默认”，用什么完全是你自己决定的

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2025-3-13 16:36

sobereva 发表于 2025-3-13 07:34
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的sob老师，我下次会注意的

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