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标题: LiPF6电解液模拟mdrun报错：Software inconsistency error: Inconsistent DD bound... [打印本页]

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Author: aipacino 时间: 2025-3-11 22:12
标题: LiPF6电解液模拟mdrun报错：Software inconsistency error: Inconsistent DD bound...
各位老师好：
我在用Gromacs模拟LiPF6+CCOC+CCOCC电解液时报错如下：

能量最小化未报错，用能量最小化的结果em.gro文件得到的分子动力学输入文件eq.tpr
Li+与PF6-的拓扑文件由文献数据得到，其他拓扑文件是用Multiwfn-RESP2调用Gaussian+Sobtop得到，并做了手动修改，盒子是用packmol建立的
另外如果有其他地方不合理非常感谢老师能提出来

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Author: sobereva 时间: 2025-3-12 04:18
照着排查
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

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Author: aipacino 时间: 2025-3-13 14:23

sobereva 发表于 2025-3-12 04:18
照着排查
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

谢谢老师，我已经可以简单的运行了
现在有个问题是能量最小化会让我的PF6-离子构型从八面体变形，请问这是正常的吗？我可以用这个构型跑NVT和NPT了吗？我是把阴阳离子分开计算电荷再汇总到一个itp文件里的

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Author: sobereva 时间: 2025-3-14 03:50

aipacino 发表于 2025-3-13 14:23
谢谢老师，我已经可以简单的运行了
现在有个问题是能量最小化会让我的PF6-离子构型从八面体变形，请问这 ...

明显不正常，拓扑文件不合理

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-3-14 09:43
善用论坛搜索功能可以找到有关PF6-离子拓扑文件的帖子
http://bbs.keinsci.com/thread-28385-1-1.html

作者
Author: aipacino 时间: 2025-3-14 19:07

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-14 09:43
善用论坛搜索功能可以找到有关PF6-离子拓扑文件的帖子
http://bbs.keinsci.com/thread-28385-1-1.html

老师你好
我的阴离子拓扑文件就是按照sobtop生成的，我看了一下和sob老师在这个贴子里给的示例也很相近，这个帖子的楼主说用“itp文件和力场文件没弄对，将多余的angle项删除”，请问是删力场文件里面的吗
我的主top文件里引用了这个力场：
#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
我也没有在这里面（包括这个力场文件引用的）找到关于F-P-F的angle定义，不知是如何多余的

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