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标题: Gaussian在做分子动力学模拟时，怎么得到两个原子键长之间的距离与时间的关系？ [打印本页]

作者
Author: ttdycb 时间: 2025-3-11 16:59
标题: Gaussian在做分子动力学模拟时，怎么得到两个原子键长之间的距离与时间的关系？
各位大佬，Gaussian在做分子动力学模拟时，怎么做才能得到两个原子键长之间的距离与时间的关系呢？要是不能的话，有什么简单的容易上手的软件推荐吗

作者
Author: wbqdssl 时间: 2025-3-11 17:45
猜你想看：http://bbs.keinsci.com/thread-986-1-1.html
另外，我不清楚你这个分子动力学模拟指的是哪种。如果用的是分子力场，那应该用Gromacs做。

作者
Author: ttdycb 时间: 2025-3-11 18:46

wbqdssl 发表于 2025-3-11 17:45
猜你想看：http://bbs.keinsci.com/thread-986-1-1.html
另外，我不清楚你这个分子动力学模拟指的是哪种。 ...

谢谢你的回复，我只想做键长和时间的关系图，其他的不做

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-12 04:45
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gaussian做分子动力学模拟” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-12 04:48
GaussView直接就能显示，北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KAQC）里深入全面讲AIMD模拟的时候给了例子
(, 下载次数 Times of downloads: 5)

另外，按下文转成xyz轨迹文件载入到VMD里得到几何参数随时间变化曲线亦可
GauMD2xyz：将Gaussian的从头算动力学轨迹转换为xyz轨迹的程序
http://sobereva.com/126

作者
Author: ttdycb 时间: 2025-3-12 12:11

sobereva 发表于 2025-3-12 04:48
GaussView直接就能显示，北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KAQC）里深入全面讲AIMD模拟 ...

好的sob老师，下次一定注意，谢谢老师的回复

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