计算化学公社

标题: 求助VMD后处理lammps的氢键问题 [打印本页]

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Author: XIANGCAI 时间: 2025-3-10 15:51
标题: 求助VMD后处理lammps的氢键问题

咨询大佬们一个问题，我现在采用图1这种方法在lammps中计算氢键，然后我把导出的dump2.XYZ文件导入到VMD中分析氢键，我想分析两种不同力场的原子之间的氢键(图2)，但是一直不正确，想问问是哪里错了。

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Author: student0618 时间: 2025-3-10 17:11
有报错最好给报错信息，没报错最好解释何谓“一直不正确”。
还有要算的原子是什么，可以的话 (如果不是confidential)最好提供出错的文件。
资讯不足很难帮忙的。

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-3-10 17:35
本帖最后由 XIANGCAI 于 2025-3-10 17:37 编辑

student0618 发表于 2025-3-10 17:11
有报错最好给报错信息，没报错最好解释何谓“一直不正确”。
还有要算的原子是什么，可以的话 (如果不是co ...

抱歉我的问题阐述不够明确。现在就是点击计算后，导出的两个文件中没有氢键，显示为0。要计算的是溶质分子中的H原子与溶剂分子中的O原子

作者
Author: student0618 时间: 2025-3-10 20:51
检查selection是否正确

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-3-10 21:24

student0618 发表于 2025-3-10 20:51
检查selection是否正确

name、type、element我都试过了，输出氢键都是0，只有选all的时候有数据。我在想是不是我把xyz文件放进来之后缺少了什么步骤，是不是需要自己编写一下VMD脚本呀

作者
Author: student0618 时间: 2025-3-10 21:47
本帖最后由 student0618 于 2025-3-10 21:52 编辑

提问时“试过什么”最好具体给完整指令哦。我先前只看截图猜，见Zn以为是他问题。

看看Graphics - representation中keyword name/element/type (按下图左下)可以选什么value(下图右下)然后对照你hbond介面的selection怎么选。。
(下图来自vmd官网)
(, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-3-10 22:42

student0618 发表于 2025-3-10 21:47
提问时“试过什么”最好具体给完整指令哦。我先前只看截图猜，见Zn以为是他问题。

看看Graphics - repre ...

您的纠正我记住了。name/element/type 都显示可以选择一楼图中的N和Zn，但是输出的氢键仍为0。

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-3-11 00:11

student0618 发表于 2025-3-10 21:47
提问时“试过什么”最好具体给完整指令哦。我先前只看截图猜，见Zn以为是他问题。

看看Graphics - repre ...

我重新尝试了一下，发现我的keyword没有用错，那是不是就只能说明氢原子和氧原子之间没有形成氢键，还会有其他操作上导致这种情况的可能吗

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Author: student0618 时间: 2025-3-11 00:12
看三楼我猜是N(donor) O (acceptor)？为什么选Zn？

假设只有目标分子有N 和O

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Author: XIANGCAI 时间: 2025-3-11 18:15
本帖最后由 XIANGCAI 于 2025-3-11 18:22 编辑

student0618 发表于 2025-3-11 00:12
看三楼我猜是N(donor) O (acceptor)？为什么选Zn？

假设只有目标分子有N 和O

是这样的，我用了一楼图1的方法，把溶质分子中我想分析的H改成了N，把溶剂分子的O改成了Zn，方便区分。
然后昨天我翻到了一个帖子遇到了和我很像的问题，Sob老师的答复如下，但是我尝试写出来语法错误了(name O and bondedto name H)，不知道正确的写法是什么

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