计算化学公社

标题: 不同温度下的gromacs模拟在什么阶段设置温度？ [打印本页]

作者
Author: Sagaf 时间: 2025-3-10 14:38
标题: 不同温度下的gromacs模拟在什么阶段设置温度？
各位好，请教个问题。我想在300，350K下模拟一个蛋白，是从nvt、npt就设置对应的温度，还是在最后md的时候设定温度

作者
Author: student0618 时间: 2025-3-10 15:56
NVT 和NPT是ensemble，MD是个方法，两者并无时序上的关系。
用来收集数据的是production stage，平衡是equilibration stage

改温度要equilibration时设，不然那production MD 前段根本未平衡

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-11 00:51
这又是极其典型的胡乱描述动力学模拟过程的例子
认真把下文第20部分看了
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “不同温度下的gromacs模拟” 改了，以后务必注意！

作者
Author: Sagaf 时间: 2025-3-11 15:19
了解了，谢谢

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