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标题: 这种透明的水分子，可以用OVITO渲染lammps输出的xyz文件得到吗？ [打印本页]

作者
Author: sigusigu 时间: 2025-3-9 19:39
标题: 这种透明的水分子，可以用OVITO渲染lammps输出的xyz文件得到吗？
如题。用lammps输出了xyz文件，想渲染成如图所示的类型，但是没有找到相关功能或者教程。倒是看到了类似的图VMD可以渲染，但是xyz文件好像不能导入VMD？求教

作者
Author: student0618 时间: 2025-3-9 19:41
vmd可以导入xyz哦

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-3-9 19:56
至少对于1.9.3版VMD而言，LAMMPS的轨迹文件可以直接读取，不必做多余的转化。VMD也可以直接读取(1)只有单帧结构的xyz文件，或者(2)有多帧结构但原子数量守恒的xyz轨迹文件，当然要确保xyz文件格式比较规矩（http://sobereva.com/477）；如果原子数有变化还可以用http://bbs.keinsci.com/thread-47229-1-1.html提到的插件帮助导入，实际上就是添虚原子补齐数量。若未明确考虑这些因素，不要轻易下结论质疑软件功能。

图中显示效果的水层用QuickSurf显示风格搭配GlassBubble材质和适当的颜色就能调出来。

作者
Author: liuyuje714 时间: 2025-3-9 20:01
Ovito √
VMD √

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-9 22:42
VMD里建立一个对应水区域的representation（不会写选择语句的话看下文），drawing method用quicksurf，materials用个透明材质，记得开GLSL，并且tachyon渲染后效果更好
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: sigusigu 时间: 2025-3-11 21:07

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-9 19:56
至少对于1.9.3版VMD而言，LAMMPS的轨迹文件可以直接读取，不必做多余的转化。VMD也可以直接读取(1)只有单帧 ...

好的谢谢我的原子数没有变化，可能是xyz格式的问题了，我去看看帖子，另外xyz文件比较大（几个G）是不是需要手动提取出来一帧？

作者
Author: sigusigu 时间: 2025-3-11 21:09

sobereva 发表于 2025-3-9 22:42
VMD里建立一个对应水区域的representation（不会写选择语句的话看下文），drawing method用quicksurf，mate ...

好的谢谢站长，我主要是导入xyz文件时候提示让我选择pdb文件，我去按照上面的回复看一下我的格式，也可能是因为data太大了（2G多）

作者
Author: sigusigu 时间: 2025-3-11 21:26

liuyuje714 发表于 2025-3-9 20:01
Ovito √
VMD √

大家都说的vmd，ovito应该怎么做呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-12 03:53

sigusigu 发表于 2025-3-11 21:09
好的谢谢站长，我主要是导入xyz文件时候提示让我选择pdb文件，我去按照上面的回复看一下我的格式，也可能 ...

VMD直接选择并载入xyz文件，根本没有选择什么pdb文件的步骤。是你对图形界面的信息理解错了

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