标题: 求助如何将其中一个配体作为蛋白质在amber中运行 [打印本页] 作者Author: zxczxc 时间: 2025-3-7 10:50 标题: 求助如何将其中一个配体作为蛋白质在amber中运行 1.我在moe中先对蛋白质的pdb文件进行处理，将活性位点共价连接的配体断开删除，附近另一个配体48J保留，想把48J作为蛋白质中一起保存为com.pdb
2.然后在amber中生成crd和top文件时显示没有48J这个反应类型，如下：
FATAL: Atom .R<48J 857>.A<C02 1> does not have a type.
FATAL: Atom .R<48J 857>.A<C04 2> does not have a type.
FATAL: Atom .R<48J 857>.A<O01 3> does not have a type.
FATAL: Atom .R<48J 857>.A<O03 4> does not have a type.
FATAL: Atom .R<48J 857>.A<O05 5> does not have a type.