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标题: 在用反应力场跑动力学的时候内存爆了 [打印本页]

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-3-4 16:07
标题: 在用反应力场跑动力学的时候内存爆了
本帖最后由 maoxinxina 于 2025-3-4 18:01 编辑

在用附件里面的文件提交任务的时候，可以正常运行，这里是跑了50000步，但是把conf_charge.lmp里面的z的数值改为35或者40的时候，就会出现下面的提醒

2910 2311.1609 -26809.551 -26723.812 128632.59
===================================================================================
= BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
= PID 15067 RUNNING AT i07r4n19
= EXIT CODE: 9
= CLEANING UP REMAINING PROCESSES
= YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
===================================================================================
想问下是什么原因，是因为哪个参数设置错了吗。

作者
Author: xyan11 时间: 2025-3-4 16:32
力场文件reaxff.txt给一下不然没法调试

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-3-4 16:48

xyan11 发表于 2025-3-4 16:32
力场文件reaxff.txt给一下不然没法调试

重新上传了一下，谢谢您。

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-3-4 16:49

xyan11 发表于 2025-3-4 16:32
力场文件reaxff.txt给一下不然没法调试

重新上传了一下，谢谢了。

作者
Author: xyan11 时间: 2025-3-4 17:00
首先，我不太明白你的输入文件的设置：
第41行到44行这段是把z在1到4之间的原子全部固定了不受力也没速度，或者说是刚性固定这区间里的原子们
但是第59行这又把全体原子的速度给初始化了

然后，你说的“把conf_charge.lmp里面的z的数值改为35或者40的时候”具体的第41行region命令你能写给我看一遍嘛？我试了试跑到23000步也没报错

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-3-4 17:09

xyan11 发表于 2025-3-4 17:00
首先，我不太明白你的输入文件的设置：
第41行到44行这段是把z在1到4之间的原子全部固定了不受力也没速度 ...

region z_layer block INF INF INF INF 1.0 4.0

作者
Author: xyan11 时间: 2025-3-4 17:14
本帖最后由 xyan11 于 2025-3-4 17:23 编辑

maoxinxina 发表于 2025-3-4 17:09
region z_layer block INF INF INF INF 1.0 4.0

我这报了一个错ERROR on proc 2: Not enough space for hbonds! total=1250 allocated=1250

根据类似用户的经验：https://matsci.org/t/hbondchk-failed-while-using-reax-c/29923

ReaxFF不该使用metal unit，应该用real unit

改了之后报错消失（顺便把timestep从0.0001改成0.1）

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-3-4 17:19

xyan11 发表于 2025-3-4 17:14
报错时region命令就是“region z_layer block INF INF INF INF 1.0 4.0”的话我觉得你的输入文件应该没 ...

#!/bin/bash
#SBATCH -J lammps
#SBATCH -p wzhcnormal
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=32

module purge
source /work/home/acdsqiq3o7/apprepo/deepmd_cpu/v2.2.11-conda/scripts/env.sh

export OMP_NUM_THREADS=1

mpirun -np $SLURM_NTASKS lmp_mpi -i modified_input_with_minimization.lammps > lammps.out
这个是提交文件。

作者
Author: xyan11 时间: 2025-3-4 17:27
本帖最后由 xyan11 于 2025-3-4 17:29 编辑

maoxinxina 发表于 2025-3-4 17:19
#!/bin/bash
#SBATCH -J lammps
#SBATCH -p wzhcnormal

应该就是lammps unit的问题

https://docs.lammps.org/pair_reaxff.html

ReaxFF只支持real unit

你可以观察一下如果用metal unit跑的时候温度会飙到几千K甚至10000K 说明立场文件里读出来的参数的单位都是错的

改成real unit 温度就一直在300K左右

你试试看吧顺便把timestep改成0.1 (real unit下时间是飞秒) 希望有所帮助

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-3-4 17:38

xyan11 发表于 2025-3-4 17:27
应该就是lammps unit的问题

https://docs.lammps.org/pair_reaxff.html

多谢，可以了。

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-3-4 17:38

xyan11 发表于 2025-3-4 17:14
我这报了一个错ERROR on proc 2: Not enough space for hbonds! total=1250 allocated=1250

根据类似 ...

多谢，可以的。

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-3-4 17:46

maoxinxina 发表于 2025-3-4 17:38
多谢，可以了。

跑到10000步的时候还是爆内存了，但是确实如你所说，跑的时候温度非常稳定。

作者
Author: xyan11 时间: 2025-3-4 18:00

maoxinxina 发表于 2025-3-4 17:46
跑到10000步的时候还是爆内存了，但是确实如你所说，跑的时候温度非常稳定。

能发个报错文件和lammps日志文件嘛？

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-3-4 18:02

xyan11 发表于 2025-3-4 18:00
能发个报错文件和lammps日志文件嘛？

我重新上传了一下，谢谢。

作者
Author: xyan11 时间: 2025-3-4 18:50
我这里的新报错是：hbondchk failed或者Not enough space for bonds以及Signal: Segmentation fault (11)

我把“pair_style reax/c NULL”改成了“pair_style reax/c NULL mincap 100000” 增加了动态分配的内存 16个mpi task跑完了50000步没再报错

mincap和safezone这两个都可以换个别的值但这些都是治标不治本要治本的话你还是检查一下你模拟的系统里有没有不合理的地方

参考：
1. http://bbs.keinsci.com/thread-13653-1-1.html
2. https://matsci.org/t/reax-c-not-enough-space-for-bonds/13891
3. https://matsci.org/t/hbondchk-failed/25166

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-3-4 18:53

xyan11 发表于 2025-3-4 18:50
我这里的新报错是：hbondchk failed或者Not enough space for bonds以及Signal: Segmentation fault (11)
...

谢谢了。

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