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标题: NPT模拟时报错：LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS [打印本页]

作者
Author: Julia 时间: 2025-2-25 23:57
标题: NPT模拟时报错：LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS
本帖最后由 Julia 于 2025-2-26 00:06 编辑

各位老师好：
我需要模拟磷酸三丁酯萃取水溶液中的酮戊二酸的过程。通过packmol建了三种分子均匀分布的盒子模型，用sobtop产生各分子的拓扑文件和结构文件。先用steep方法然后用cg方法做了能量最小化后，分别跑NVT和NPT平衡，步长为1fs，模拟1000ps，约束为hbonds。力场用GAFF立场，跑NVT时没有报错，但跑NPT时，出现了以下错误：

Step 60834, time 60.834 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.000052, max 0.003313 (between atoms 2598 and 2599)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
2598 2599 31.4 0.0979 0.0976    0.0973
2598 2600 36.2 0.0978 0.0976    0.0973

Fatal error:
Too many LINCS warnings (1001)
If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in
your mdp file
or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,
but normally it is better to fix the problem

曾尝试过把NPT的mdp文件中的约束去掉，模拟时间缩短到500ps，但都没有解决问题。附件是NPT输入文件，NVT后的结构文件，单分子和体系拓扑文件。
在用vmd打开看nvt之后的轨迹时发现跑完和没跑结构一模一样，但跑的过错没有报错，是为什么呢？
（跑npt报错后参照了http://bbs.keinsci.com/thread-9578-1-1.html这个帖子的描述和解决办法，试了好多次但问题还是没有解决）
感谢各位老师帮助！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-26 12:35
这类老生常谈的问题该说的在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8都说了，没什么可补充的

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