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标题: 想请教一下gromacs中的位置限制怎么弄？ [打印本页]

作者
Author: sssyyuan 时间: 2025-2-25 18:46
标题: 想请教一下gromacs中的位置限制怎么弄？
用金属板对CO2进行驱替，但是在驱替的过程CO2容易跑到板的另外一侧，于是想对CO2分子在z方向上面进行限制，让CO2分子不跑到板的另外一侧
1.一个是位置限制，一个是平底势限制，不知道使用哪一个。使用位置限制，我用gmx genrestr 生成的posre.itp 在.top文件中
通过 #ifdef POSRES

#include "posre.itp"
#endif
来引用，结果出现报错
Syntax error - File posre.itp, line 3
Last line read:
'[ position_restraints ]'
Invalid order for directive position_restraints
我有看过论坛的其他例子，修改posre.itp文件里的原子序号后，也会报错。 (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

2.想问一下平底势限制要如何弄呢？哪一个更好？

作者
Author: FrancisCho 时间: 2025-2-26 08:22
我的做法是使用“cat md.top posre.itp > md.itp”
因为几乎所有的itp文件我都是使用x2top生成的top文件，我是这样添加位置限制的，直接将posre.itp内容添加到top文件末尾并重命名为itp文件

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-26 12:27
[ position_restraints ]没放对位置，这是对前面紧挨着的[moleculetype]定义的分子而言的，当然得在被限制的那类分子的[moleculetype]后面出现。[ position_restraints ]里的序号是对分子类型而言的，而不是整个体系而言的

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里用位置限制的例子
(, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: NGC626 时间: 2025-3-17 18:17

sobereva 发表于 2025-2-26 12:27
[ position_restraints ]没放对位置，这是对前面紧挨着的[moleculetype]定义的分子而言的，当然得在被限制 ...

sob老师好，请问第11届的培训资料中有这部分内容吗，如果有的话具体是在第几页呢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-18 05:05

NGC626 发表于 2025-3-17 18:17
sob老师好，请问第11届的培训资料中有这部分内容吗，如果有的话具体是在第几页呢

从第16届开始才有

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