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标题: 分子模拟有偿求助 [打印本页]

作者
Author: 007 时间: 2017-3-1 19:32
标题: 分子模拟有偿求助
本帖最后由 007 于 2017-3-1 19:32 编辑

各位大侠本人现有一个酶参与的化学反应想要用分子模拟手段说明其反应机理不知哪位能够帮忙本人并非此专业跨学科需要不胜感激！ qq 254799975 微信qyf625007

作者
Author: ggdh 时间: 2017-3-1 19:44
这个的做法应该是QM/MM模型下的TS搜索，难度不小。。。

作者
Author: 007 时间: 2017-3-1 20:30

ggdh 发表于 2017-3-1 19:44
这个的做法应该是QM/MM模型下的TS搜索，难度不小。。。

能够简要说明即可

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-2 05:57
没有更多的信息，搞计算的人很难知道问题的深浅以及是否应付得来。很多实验上难搞的，计算上很简单，而有些实验上看起来不难的，计算上则很困难。
当前这个问题，哪怕是能做到简要说明，都不一定是件容易事。

虽然我没时间弄，不过一般来说，这种问题用Gaussian靠ONIOM，找找过渡态、极小点就可以。不过找过渡态并非易事，很可能折腾半天也找不到能说明问题的过渡态。

作者
Author: 007 时间: 2017-3-2 12:53
谢谢sob老师我看到一篇论文有相似之处先对酶的氨基酸序列进行预测再对序列进行空间模拟分子对接技术研究酶的活性中心最后推导机理不知道这些步骤是否容易完成？有例子是否能够模仿一下？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-2 14:04

007 发表于 2017-3-2 12:53
谢谢sob老师我看到一篇论文有相似之处先对酶的氨基酸序列进行预测再对序列进行空间模拟分子对接技术 ...

以上每一步都会引入不确定因素，到头来能不能说明问题很难讲
如果你要研究的很接近可以效仿搞搞

作者
Author: 007 时间: 2017-3-2 18:18
求各位大侠帮助以上所说是我找到的例子如果能模仿其中的两三步也许我就可以用上希望有思路的大侠帮忙！可以加我以上的联系方式，必有酬谢！十分感谢！

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