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标题: 一个MOF结构运行一开始崩溃出现非键作用warinng提示如何解决 [打印本页]

作者
Author: Wu_Peng 时间: 2025-2-23 19:15
标题: 一个MOF结构运行一开始崩溃出现非键作用warinng提示如何解决
一个MOF结构，含有Co,N,C,H,O元素，已用cp2k先进行了结构优化，使用sobtop参考MOF-5的方式生成了GROMACS的输入文件，运行一开始就崩溃，出现了如下warning，尝试了很多办法包括计算hessians生产力常数也无法运行。本人小白，虚心求教！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-23 19:56
盒子太小，拿这么小结构做MD根本没意义
必须先扩胞。而且非键作用截断在那么短距离太荒唐了，periodic-molecules也没设yes。并且确保跨盒子的键对应的bond项都出现了

更多信息看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

作者
Author: Wu_Peng 时间: 2025-2-24 12:35

sobereva 发表于 2025-2-23 19:56
盒子太小，拿这么小结构做MD根本没意义
必须先扩胞。而且非键作用截断在那么短距离太荒唐了，periodic-mol ...

非常感谢sob老师的回复，按照您的建议进行了尝试，完美的解决了出现的问题，根据hessian补充缺失参数时，更进一步体会到sobtop的灵活好用。

有几个问题想请教您：
1 盒子大小一般多少合适，是根据研究目的决定还是gromacs的某些参数决定了盒子不能太小。如何我想要观察晶体结构吸附分子的行为，边长2 nm盒子是否够用
2 非键作用截断rlist, rcolomb, rvdw一般设置多少比较合适，我看设置范围有出现从0.5-1.5不等，设置依据是什么
3 我想研究如下图所示分子穿过晶体前后过程中，晶体结构的变化情况，用gromacs能否指定小分子的运动路径，实现下图所示的效果

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-24 12:59

Wu_Peng 发表于 2025-2-24 12:35
非常感谢sob老师的回复，按照您的建议进行了尝试，完美的解决了出现的问题，根据hessian补充缺失参数时， ...

不好一概而论。这类研究的文章多得很，参考近些年的类似情况研究的文章用的模型

一般情况设1.0 nm，原理上和用的力场原文里的设置一致最好

可以做拉伸动力学（用pull设置）

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