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标题: 求助编译CP2K-2024.3出现报错 [打印本页]

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Author: gagatom 时间: 2025-2-22 15:51
标题: 求助编译CP2K-2024.3出现报错
我按照sob老师的方法用toolchain进行编译。gcc、cmake和openmpi都用的是学校超算的预装版本（ 1) scl/gcc9.3.1 2) openmpi/4.0.5_OPA_gcc9.3 3) cmake/3.23.2）。
指令为：./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --mpi-mode=openmpi --with-plumed=install --with-cmake=system --math-mode=openblas --with-hdf5=no --with-cosma=no，期间一切正常，没有出现报错。之后按照提示复制生成的编译文件到cp2k/arch后，source了安装的可执行文件，用make -j 40 ARCH=local VERSION="ssmp sdbg psmp pdbg" >make.log 2>&1开始编译。
编译完成后出现以下报错信息：/software/rh/devtoolset-9/root/usr/bin/../libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/9/ld: cannot find liblsan_preinit.o: No such file or directory
/software/rh/devtoolset-9/root/usr/bin/../libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/9/ld: cannot find -llsan
collect2: error: ld returned 1 exit status
/scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/tools/build_utils/fypp -n --line-marker-format=gfortran5 /scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/src/mpiwrap/mp_perf_test.F mp_perf_test.F90
make[3]: *** [/scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/obj/local/sdbg/all.dep:154: /scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/exe/local/memory_utilities_unittest.sdbg] Error 1
make[3]: *** Waiting for unfinished jobs....
/software/rh/devtoolset-9/root/usr/bin/../libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/9/ld: cannot find liblsan_preinit.o: No such file or directory
/software/rh/devtoolset-9/root/usr/bin/../libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/9/ld: cannot find -llsan
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [/scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/obj/local/sdbg/all.dep:158: /scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/exe/local/parallel_rng_types_unittest.sdbg] Error 1

Updating archive /scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/lib/local/ssmp/libcp2ksubsys.a
ar: creating /scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/lib/local/ssmp/libcp2ksubsys.a
/scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/tools/build_utils/fypp -n --line-marker-format=gfortran5 /scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/src/ipi_environment_types.F ipi_environment_types.F90
/scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/tools/build_utils/fypp -n --line-marker-format=gfortran5 /scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/src/nnp_environment_types.F nnp_environment_types.F90
make[2]: *** [/scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/Makefile:146: all] Error 2
make[1]: *** [/scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/Makefile:128: pdbg] Error 2

但是很奇怪居然能生成cp2k的可执行文件：
cd /scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/exe/local; ln -sf cp2k.ssmp cp2k_shell.ssmp
cd /scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/exe/local; ln -sf cp2k.ssmp cp2k.sopt
cd /scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/exe/local; ln -sf cp2k.psmp cp2k_shell.psmp
cd /scratch/liangjiatong/cp2k-2024.3/exe/local; ln -sf cp2k.psmp cp2k.popt
make: *** [Makefile:123: all] Error 2

我没有搜到很好的解决办法，请问有没有老师知道这个问题应该如何解决？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-2-22 15:58
scl/gcc9.3.1和openmpi/4.0.5_OPA_gcc9.3，其中scl和OPA是什么意思？需要搞清楚自己加载的是什么东西，便于分析问题。

作者
Author: Santz 时间: 2025-2-22 16:04
1. 试试--with-openmpi=install，且make -j 40 ARCH=local VERSION="ssmp psmp" >make.log 2>&1

作者
Author: gagatom 时间: 2025-2-22 16:12

zjxitcc 发表于 2025-2-22 15:58
scl/gcc9.3.1和openmpi/4.0.5_OPA_gcc9.3，其中scl和OPA是什么意思？需要搞清楚自己加载的是什么东西，便于 ...

scl是Software Collections的意思。gcc是用Software Collections 安装的。
OPA是 Omni-Path Architecture的意思。目前调用的OpenMPI 4.0.5 版本支持OPA互联，并且这个版本是用 GCC 9.3 编译的。同理学校超算上还有openmpi/4.1.0_IB_gcc9.3，这个IB是支持Infiniband互联

作者
Author: gagatom 时间: 2025-2-22 16:13

Santz 发表于 2025-2-22 16:04
1. 试试--with-openmpi=install，且make -j 40 ARCH=local VERSION="ssmp psmp" >make.log 2>&1[/backcolor ...

好嘞，我先试试

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2025-2-22 17:18
尽量不要用SCL的gcc编译较大的软件，因为里面有时候ABI有问题，导致特别难debug。

优先考虑使用集群上工作人员已经安装好的gcc。有能力的话，就自己编译gcc。

作者
Author: gagatom 时间: 2025-2-23 00:36

Daniel_Arndt 发表于 2025-2-22 17:18
尽量不要用SCL的gcc编译较大的软件，因为里面有时候ABI有问题，导致特别难debug。

优先考虑使用集群上工 ...

了解了，果然是超算上的gcc有问题

作者
Author: gagatom 时间: 2025-2-23 00:43
听了各位老师的建议后，自己重新编了gcc13.1.0和openmpi4.1.5，期间因为系统的as、ld版本太低，用toolchain编译openblas过程中还出现了“unrecognized option '--gdwarf-5' as: unrecognized option '--g”的报错，于是装了个高版本的binutils，问题得以解决。
继续按照sob老师的方法（http://sobereva.com/586）编译，最终成功编译出cp2k。
感谢各位老师的帮助！

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