Solitude198 发表于 2025-2-21 21:23
crest可以做限制性构象搜索,类似于xtb
https://crest-lab.github.io/crest-docs/page/examples/example ...
wang011127 发表于 2025-2-21 21:24
我印象中sob老师好像说crest不太靠谱?虽然我看过一些文章也用了crest
虽然Grimme也搞了个名为crest的利用xtb跑metadynamics的构象搜索工具,但从实效上看并不比本文的做法更有任何优势,过程也不像本文做法那么透明和可控,且最终也还是得借助Molclus用更高级别来refine才行,所以我不认为crest有多大实际使用价值。
有本文读者问及用crest做metadynamics如何,前文里已经说了,有这个没有什么实际好处。笔者也实际试了一下,非常令人失望:
crest结合GFN2-xTB真空下搜索,两个半小时结束,给出的能量最低的至少前50个结构里没有任何一个和真实的能量最低结构有相似性
crest结合GFN2-xTB在GBSA表现的水溶剂下搜索,两个小时结束,给出的能量最低的至少前50个结构里没有任何一个和真实的能量最低结构有相似性
crest结合GFN0-xTB真空下做搜索,45分钟结束,所有给出的516个结构没有任何一个结构和真实的能量最低结构有相似性
可见对于当前体系大失败。crest的原理看似sophisticated,实际表现还没高温MD效果好。
Q21:怎么对过渡态做构象搜索?
A:不小的体系的化学反应只发生在体系的一部分区域,可以叫反应区域,整个反应路径中只有这部分区域的原子涉及的内坐标有特别显著变化、牵扯化学键的改变,基于这点可以做过渡态的构象搜索。首先照常搜索过渡态,然后用gentor对非反应区域做各种二面角的旋转产生traj.xyz,在Molclus做批量优化时用settings.ini里的freeze设置将反应区域的原子冻住,之后照常用Molclus做剩下的构象搜索步骤即可。当然,反应区域和非反应区域会存在一定耦合,非反应区域处于不同构象时反应区域的结构也会多多少少有所不同。因此为了严谨起见,建议以上述构象搜索得到的能量最低一批结构作为初猜再次优化过渡态,并取其中能量最低的过渡态。
sobereva 发表于 2025-2-22 08:55
侧链构象对当前反应的研究不会构成什么影响,甚至为了简化计算,把烃链截短成甲基都是完全可以接受的。
倘 ...
sobereva 发表于 2025-2-22 08:55
侧链构象对当前反应的研究不会构成什么影响,甚至为了简化计算,把烃链截短成甲基都是完全可以接受的。
倘 ...
wang011127 发表于 2025-2-22 13:24
请问sob老师如何判断长链烷基对于过渡态的作用的?如果只是想对这样的体系做过渡态构型优化,使用xtb配合 ...
Newbee_Ccc 发表于 2025-4-17 17:09
我也遇到了同样的问题,小分子有较长侧链,我现在是尝试用fix过度态中DA反应成环的原子,然后用crest进行 ...
Newbee_Ccc 发表于 2025-4-17 17:09
我也遇到了同样的问题,小分子有较长侧链,我现在是尝试用fix过度态中DA反应成环的原子,然后用crest进行 ...
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