计算化学公社

标题: CP2K结构优化无报错但最后一帧与倒数第二帧相比变型严重 [打印本页]

作者
Author: LIberate 时间: 2025-2-19 21:44
标题: CP2K结构优化无报错但最后一帧与倒数第二帧相比变型严重
刚接触cp2k，尝试变胞优化CNT内部填充少量BN的结构。首先用GFN1-xTB进行预优化，得到的结构正常，再用PBE-D3（BJ）和DZVP-MOLOPT-SR-GTH进行进一步优化，优化完成后程序未报错，但是将pdb文件载入VMD查看发现倒数第二帧之前一切正常，但是最后一帧发生了严重变形，请问社长和各位老师这是为什么呢应该如何解决呢，非常感谢。（因为输出文件过大，所以只截取了最后几步）
(, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 9)

(, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-2-19 23:25
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-2-19 23:41 编辑

.out文件里打印的信息重复且混乱，说明CP2K并行异常，这时输出坐标可能也会受影响。http://sobereva.com/586所讲的相关环境设置是否在计算时生效，特别是并行所用MPI是否与编译所用一致？

编辑：另外，氮化硼薄片在碳纳米管内的位置、以及初始盒子的三个边长是如何确定的，变胞优化意义何在？

作者
Author: LIberate 时间: 2025-2-20 10:20

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-2-19 23:25
.out文件里打印的信息重复且混乱，说明CP2K并行异常，这时输出坐标可能也会受影响。http://sobereva.com/58 ...

谢谢，根据您的建议，我用同学的机器再跑一边对比一下解决。
PS：因为之前用高斯算过这个模型，但是原子数太多跑不动而且群内大佬建议用周期性体系才能准确表达，所以参数和位置都借鉴了之前高斯优化出来的结构

作者
Author: LIberate 时间: 2025-2-20 14:41

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-2-19 23:25
.out文件里打印的信息重复且混乱，说明CP2K并行异常，这时输出坐标可能也会受影响。http://sobereva.com/58 ...

就是您所说的CP2K并行异常问题，修改后解决了，非常感谢

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)