计算化学公社

标题: 在用cp2k+plumed 计算去溶剂化能垒的时候有点问题 [打印本页]

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-2-19 11:21
标题: 在用cp2k+plumed 计算去溶剂化能垒的时候有点问题
本帖最后由 maoxinxina 于 2025-3-3 22:30 编辑

这里我想计算在LiF表面上有一个Li和四个电解液分子在一起，这里以上面的锂和溶剂分子的配位数作为CV进行采样。在得到结果后，用命令plumed sum_hills --histo PATHTOMYCOLVARORHILLSFILE --sigma 0.05 --kt 2.49来处理得到的结果。我想的是在把Li往下拉的时候，要经过一个势垒再进入晶格，但是很奇怪的是一开始跑一下子就拽下来了。想请教一下这是怎么回事。

在之前的基础上跑了五万步，但是Li原子还是没有再次脱出来，想问下是怎么回事。

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-2-19 11:22
C:\Users\amaoa\Desktop\配位.png

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-2-19 11:44
这个是有关配位数对应的fes.dat

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-19 13:39
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-19 13:39

maoxinxina 发表于 2025-2-19 11:22

认真看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-2-19 21:15

sobereva 发表于 2025-2-19 13:39
认真看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图

不好意思哈，现在学会了。下次不会了。

作者
Author: ljh123 时间: 2025-2-19 22:36
5000fs总时长，只积累了10个高斯函数，还看不出什么啊

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-2-19 23:01

ljh123 发表于 2025-2-19 22:36
5000fs总时长，只积累了10个高斯函数，还看不出什么啊

还要继续跑吗，我看Li已经跑下来了，算是脱溶剂化完成么。

作者
Author: ljh123 时间: 2025-2-19 23:11

maoxinxina 发表于 2025-2-19 23:01
还要继续跑吗，我看Li已经跑下来了，算是脱溶剂化完成么。

你没上传轨迹说不准。但是元动力学算自由能，仅仅是发生了一次反应可不够，得让他不断地发生正逆反应，其实也就是充分采样。

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-2-20 09:38

ljh123 发表于 2025-2-19 23:11
你没上传轨迹说不准。但是元动力学算自由能，仅仅是发生了一次反应可不够，得让他不断地发生正逆反应，其 ...

我上传到那个mp4文件了，能帮忙看下吗，谢谢了。

作者
Author: ljh123 时间: 2025-2-20 14:41
本帖最后由 ljh123 于 2025-2-20 14:50 编辑

maoxinxina 发表于 2025-2-20 09:38
我上传到那个mp4文件了，能帮忙看下吗，谢谢了。

如果你的CV找的没问题的话，大概率是轨迹跑太短了。你这个图看起来就是还没填充完。如果真的复合你的推测的话，后续自由能曲线在CV的两端是一个峰谷，CV中间有一个峰，其实你这个也有点雏形了。你也可以试着把PACE调小看看，比如50，让偏置势快点填满势能面

作者
Author: 1138711019 时间: 2025-2-20 15:53
看轨迹 Li没有回去的意思呢，试试增加Gaussian hills，另外时长也不够哇，肯定还是要增加时长的

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-2-20 16:13

1138711019 发表于 2025-2-20 15:53
看轨迹 Li没有回去的意思呢，试试增加Gaussian hills，另外时长也不够哇，肯定还是要增加时长的

嗯，谢谢。增加时长Li就有可能跑回去吗。

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2025-2-20 19:59
请问plumed.dat文件里的well，和meta值怎么设定啊？

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-2-20 23:30

嘤嘤嘤发表于 2025-2-20 19:59
请问plumed.dat文件里的well，和meta值怎么设定啊？

这个我还不会。

作者
Author: 1138711019 时间: 2025-2-21 08:43

maoxinxina 发表于 2025-2-20 16:13
嗯，谢谢。增加时长Li就有可能跑回去吗。

CV设置合理应该是要回去的

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