计算化学公社

标题: 求助Materials Studio软件构建FeS2(111)晶面模型 [打印本页]

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Author: MRWang991117 时间: 2025-2-18 21:50
标题: 求助Materials Studio软件构建FeS2(111)晶面模型
本帖最后由 MRWang991117 于 2025-2-19 10:31 编辑

我从Materials Project下载了Pa3空间群FeS2晶胞的cif文件，导入MS以后FeS2晶胞如第一张图所示，沿着(111)方向切面，我自己得到的FeS2(111)晶面(第二张图)与文献中(第三张图)不一样，请问原因。 (, 下载次数 Times of downloads: 5) (, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-19 08:43
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Materials Studio软件构建二维(111)FeS2模型” 改了，以后务必注意！

重新编辑帖子，说清楚跟什么不一样，描述不要有任何含糊性。仔细看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-2-19 13:58
这篇文章没给计算模型的坐标信息，而从后文配图看，硫只有一种与三个铁原子成键的化学环境，并不符合黄铁矿的结构，更像是氯化镉或者碘化镉的单层。如果一定要复现论文，建议询问作者详情。

作为参考，我从FeS2里切出来的单层长这样，有的硫只与两个铁原子成键。
(, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: 卡开发发 时间: 2025-2-19 15:06
我怀疑文献的2D结构不是通过3D结构切面得到的，当然这是我个人猜测，手头没有原文也没办法继续讨论。有必要看看文献中如何提到实验上他们是怎样进行的，有可能他指的cleave可能是实际实验上剥离出来的2D单层，之后在外部环境下发生某些重构。上图3的(b)(c)结构应该是类似于MoS2的结构，可以导入MoS2结构进行修改，或者可以认为是mp-1430160结构切(0 0 1)出来的。

作者
Author: MRWang991117 时间: 2025-2-19 15:26

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-2-19 13:58
这篇文章没给计算模型的坐标信息，而从后文配图看，硫只有一种与三个铁原子成键的化学环境，并不符合黄铁矿 ...

感谢您的回答！我其实想计算的体系为二维FeS2/石墨烯，但是一直构建不出合适的二维FeS2晶面
请问：以下两篇文献中构建的FeS2中硫原子也只和三个铁原子成键，这两种FeS2与石墨烯形成异质结是否合适，文献中是否认为符合原子比例(2:1)即可？
https://doi.org/10.1016/j.apsusc.2019.144633
(, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 4)
https://doi.org/10.1039/D2DT02991J (, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: MRWang991117 时间: 2025-2-19 15:48

卡开发发发表于 2025-2-19 15:06
我怀疑文献的2D结构不是通过3D结构切面得到的，当然这是我个人猜测，手头没有原文也没办法继续讨论。有必要 ...

非常感谢您的回答！
我其实想计算的体系为二维FeS2/石墨烯，但是一直构建不出合适的二维FeS2晶面。
https://doi.org/10.1016/j.mtcomm.2023.107704 https://doi.org/10.1016/j.susc.2024.122509 该作者在这两篇纯DFT理论计算的论文中均使用了该FeS2(111)晶面，所以我对这种不符合黄铁矿原子配位的晶面感到疑惑。我之前也做过MoS2，他的这种FeS2(111)晶面很像八面体结构的1T-MoS2(002)晶面，将Mo换成Fe以后再调整相应的键长键角应该就可以。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2025-2-19 17:23
本帖最后由卡开发发于 2025-2-19 17:34 编辑

MRWang991117 发表于 2025-2-19 15:48
非常感谢您的回答！
我其实想计算的体系为二维FeS2/石墨烯，但是一直构建不出合适的二维FeS2晶面。[/bac ...

我认为就是对1T-MoS2的(0 0 1)替换或者前面给你那个FeS2的(0 0 1)，当然作为二维薄层你需要在此基础上进行二维格子的优化。至于为什么要按照这个结构来，你可能得看看他的原文是否对这方面因素进行阐述，我看了下2023的那篇：

2D-FeS2 is composed of three atomic layers (S layer, Fe layer, and S layer), which are stacked together by van der Waals forces and thus can be obtained by exfoliation of bulk crystals [29], [30] or FeS nanosheet templates [31], the latter having two structures (S-FeS2 and T-FeS2).

大概是这样的一种说法。但我觉得可能需要对Ref. 29~31进行进一步的考证。

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