计算化学公社

标题: 既有氨基酸又有PEG和小分子药物的聚合结构，要怎么进行几何优化以及sobtop生成参数 [打印本页]

作者
Author: milk_q 时间: 2025-2-17 21:05
标题: 既有氨基酸又有PEG和小分子药物的聚合结构，要怎么进行几何优化以及sobtop生成参数
有偿求助一下大家，对于这样既有氨基酸又有PEG和小分子药物的聚合结构（七种结构，原子数目在580-1000之间），要怎么进行几何优化以及sobtop生成参数，试了很多种方法后面NVT都会崩
或者如果不把他们看做一个整体还有其他方法做自组装的全原子模拟吗
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-18 13:56
当前问题和Amber程序毫无关系，发帖时别胡乱选择[Amber]分类，这次给你改了，以后注意！

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “几何优化和sobtop生成拓扑参数” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-18 13:59
借助sobtop在rtp文件里定义非标准残基（氨基酸残基部分沿用AMBER的，聚合物的重复单元对应的残基自行参考sobtop产生的rtp文件改写并加入力场的rtp里，并用pdb2gmx产生拓扑文件）。如果小分子是共价方式与之相连的，也当非标准残基处理。

作者
Author: milk_q 时间: 2025-2-18 15:38

sobereva 发表于 2025-2-18 13:59
借助sobtop在rtp文件里定义非标准残基（氨基酸残基部分沿用AMBER的，聚合物的重复单元对应的残基自行参考so ...

感谢sob老师的解答，想再请教一下几何优化要怎么办，Gaussian对于这么多原子会崩

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-18 16:29

milk_q 发表于 2025-2-18 15:38
感谢sob老师的解答，想再请教一下几何优化要怎么办，Gaussian对于这么多原子会崩

显然不该量子化学直接算整个体系，除非你用半经验级别的方法
而且对它做量子化学的几何优化毫无意义，这一步又不是需要的

作者
Author: milk_q 时间: 2025-2-24 18:03

sobereva 发表于 2025-2-18 13:59
借助sobtop在rtp文件里定义非标准残基（氨基酸残基部分沿用AMBER的，聚合物的重复单元对应的残基自行参考so ...

sob老师，那这里RESP电荷要怎么计算，大分子没法调用multiwfn的脚本

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-25 12:07

milk_q 发表于 2025-2-24 18:03
sob老师，那这里RESP电荷要怎么计算，大分子没法调用multiwfn的脚本

自己手动算，博文写得清清楚楚
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

本来脚本只是为了给不懂Gaussian的人提供个方便而已，怎么成好像必须要用似的...

作者
Author: milk_q 时间: 2025-3-10 15:42

sobereva 发表于 2025-2-18 13:59
借助sobtop在rtp文件里定义非标准残基（氨基酸残基部分沿用AMBER的，聚合物的重复单元对应的残基自行参考so ...

sob老师，这里的意思是氨基酸和小分子用Amber，然后根据Gaussian里的原子序号把聚合物手动替换成GAFF吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-10 22:47

milk_q 发表于 2025-3-10 15:42
sob老师，这里的意思是氨基酸和小分子用Amber，然后根据Gaussian里的原子序号把聚合物手动替换成GAFF吗

小分子当然用GAFF
鉴于当前氨基酸残基并不是蛋白质上的，不需要考虑对蛋白质构象描述精度的问题，全都用GAFF也完全可以，这样省事

作者
Author: milk_q 时间: 2025-3-11 20:43

sobereva 发表于 2025-3-10 22:47
小分子当然用GAFF
鉴于当前氨基酸残基并不是蛋白质上的，不需要考虑对蛋白质构象描述精度的问题，全都用 ...

好的谢谢sob老师，也就是说可以用整体都是GAFF力场的聚合物生产拓扑参数的方法吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-12 03:57

milk_q 发表于 2025-3-11 20:43
好的谢谢sob老师，也就是说可以用整体都是GAFF力场的聚合物生产拓扑参数的方法吗

是

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)