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标题: cp2k对300原子体系做aimd计算时速度极慢 [打印本页]

作者
Author: mxlove 时间: 2025-2-17 18:05
标题: cp2k对300原子体系做aimd计算时速度极慢
各位老师，我最近在尝试利用cp2k计算环水解过程，并利用multiwfn生成了inp文件，体系大小是315个原子，基组是BLYP/SZV-GTH, DFT-D3矫正。但是在128线程节点的服务器上进行计算时，两周时间都没有进行完成一步计算，只输出了.out文件。计算相关的文件如下所示，想请教下这是哪里的问题，需要如何解决呢。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-2-17 18:36
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-2-17 18:41 编辑

（不知道该不该羡慕计算资源余裕到能浪费两周时间硬算不出一点结果也不会被责问的服务器……）
先拿个小的纯水盒子跑跑MD，看CP2K能否正常并行运算。对当前体系，把这一堆集合变量去掉、盒子尺寸调小到与分子实际占据的空间相符（毕竟模拟的是水溶液又不是真空中的有限水球）、电荷与自旋多重度调整合适（关键是三价铬）、改用PBE泛函（带DFT-D3色散校正）和DZVP-MOLOPT-SR-GTH基组（参考http://bbs.keinsci.com/thread-18417-1-1.html讨论）再尝试计算。

作者
Author: Santz 时间: 2025-2-17 20:12
不清楚你们集群是怎么弄的，你计算 2 周，128 核就这么点，你这个 out 一看就是许久都没有更新的那种。我试了下用 CP2K-2022.2 13核计算30 分钟可以计算 Step number 3 左右

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-18 14:07
明摆着根本没有正常运行，运行方式不对或者编译有问题。一个小时都没跑出来一步明摆着就是有严重异常，早就该把任务杀了，白糟蹋高性能服务器两周机时！

用BLYP完全莫名其妙，CP2K的用户通常没理由不用PBE而非要用BLYP
用那么小的基组做计算根本没意义，DZVP-MOLOPT-SR-GTH通常来说是底限

十分建议通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）系统性学学怎么正确使用CP2K，免得像这样白浪费巨量时间。但凡看看培训里讲AIMD模拟的巨量例子的输出文件中的运行时间也会轻易知道当前耗时的情况完全离谱。区区300个原子，那么多核的服务器两个礼拜起码都跑150ps了。培训里的各种好几百原子体系的AIMD的例子在96核双路7R32上用PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GTH跑，平均每步的时间都只有个位数秒数。

作者
Author: mxlove 时间: 2025-2-20 17:43
本帖最后由 mxlove 于 2025-2-20 17:48 编辑

感谢各位老师回复，检查之后发现是编译的问题，经过重新编译已经解决这个问题。同时感谢各位老师建议，现在在用PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GTH继续计算

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-2-20 17:50
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-2-20 18:02 编辑

mxlove 发表于 2025-2-20 17:43
感谢各位老师回复，检查之后发现是编译的问题，经过重新编译已经解决这个问题。同时感谢各位老师建议，现在 ...

楼上明明说的是PBE纯泛函，不是PBE0杂化泛函，在CP2K中使用后者比前者更有讲究，不建议贸然尝试。参考
CP2K做杂化泛函计算的关键要点和简单例子
http://sobereva.com/690（http://bbs.keinsci.com/thread-41087-1-1.html）

编辑：没事了，发出此帖时未刷新页面，没看到楼上的更正。

作者
Author: mxlove 时间: 2025-2-20 18:01

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-2-20 17:50
楼上明明说的是PBE纯泛函，不是PBE0杂化泛函，在CP2K中使用后者比前者更有讲究，不建议贸然尝试。参考
C ...

不好意思刚才打错了，用的PBE，已经更正

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