计算化学公社

标题: 能量最小化提示cg无法收敛，改用steep还是不收敛 [打印本页]

作者
Author: milk_q 时间: 2025-1-21 20:13
标题: 能量最小化提示cg无法收敛，改用steep还是不收敛
1、使用chemdraw画化学结构，chemdraw3D生成几何结构（赖氨酸、PEG嵌段并在侧链上按比例接枝地塞米松），转换为mol2格式
2、xTB几何优化，生成.xyz和电荷
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
3、multiwfn计算RESP电荷、sobtop按GAFF生成拓扑参数
multiwfn：
7  //布居分析与原子电荷计算
18  //RESP模块
1  //计算标准RESP电荷
sobtop：
1 //产生GROMACS拓扑文件
2 //指认GAFF原子类型，没法指认的自动用UFF原子类型
4 //从力场库文件中取合适的参数，缺的就猜一个
4、搭建盒子，放入分子，能量最小化，填充水再能量最小化
能量最小化出现这个提示是怎么回事，改用steep方法还是不收敛
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-22 13:59
描述不充分。给Multiwfn用的输入文件没交代

并且sobtop主页上 “Hint：关于给聚合物用RESP原子电荷” 部分明确说了聚合物体系该怎么搞、算RESP电荷应当用平直构象，别直接拿当前结构暴力计算。

并且看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

作者
Author: milk_q 时间: 2025-1-22 14:52

sobereva 发表于 2025-1-22 13:59
描述不充分。给Multiwfn用的输入文件没交代

并且sobtop主页上 “Hint：关于给聚合物用RESP原子电荷” 部 ...

谢谢sob老师解答，multiwfn的输入文件是xtb xtbopt.xyz --wfn产生的molden.input文件

作者
Author: milk_q 时间: 2025-1-22 15:26

sobereva 发表于 2025-1-22 13:59
描述不充分。给Multiwfn用的输入文件没交代

并且sobtop主页上 “Hint：关于给聚合物用RESP原子电荷” 部 ...

sob老师，对于我图中这个分子既有柔性的聚合物也有刚性的小分子药物，需要在GFN2-xtb优化后做构象搜索吗，还是说只要PEG片段是平直的也可以呢，麻烦sob老师答疑一下，非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-23 11:46

milk_q 发表于 2025-1-22 15:26
sob老师，对于我图中这个分子既有柔性的聚合物也有刚性的小分子药物，需要在GFN2-xtb优化后做构象搜索吗 ...

本来你的目的就是做动力学，事先做构象搜索没意义

算RESP/RESP2电荷的关键一点是要让动力学过程中所有可能暴露出来的原子，在计算原子电荷用的构象中就已经暴露在表面，否则这些原子的电荷拟合质量差。根据实际情况考虑怎么实现。比如非要把柔性长链当成整体来计算，可以按下文拉直
利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法
http://sobereva.com/594（http://bbs.keinsci.com/thread-22945-1-1.html）

如果对重复单元分别算RESP电荷再拼接为整体的电荷（此为最理想做法），那就不用考虑这个，本来每个重复的单元单独计算时原子都是充分暴露的。

作者
Author: milk_q 时间: 2025-2-10 20:54

sobereva 发表于 2025-1-23 11:46
本来你的目的就是做动力学，事先做构象搜索没意义

算RESP/RESP2电荷的关键一点是要让动力学过程中所有 ...

sob老师，由于我的链比较长而且含有较长的支链，用ORCA运行很久都没有结束，可以看一下有什么问题吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-10 23:14

milk_q 发表于 2025-2-10 20:54
sob老师，由于我的链比较长而且含有较长的支链，用ORCA运行很久都没有结束，可以看一下有什么问题吗

显然不应该直接算整个体系，贵死
若要得到原子电荷，前面我说了，要单独得到各个重复单元的原子电荷拼接成整体，sobtop主页上“Hint：关于给聚合物用RESP原子电荷”部分说的没法更清楚。

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