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标题: 求助：如何结合colvars包使用abf方法计算pmf分量？ [打印本页]

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Author: Lionzaka 时间: 2025-1-7 14:56
标题: 求助：如何结合colvars包使用abf方法计算pmf分量？
本帖最后由 Lionzaka 于 2025-1-7 15:00 编辑

之前看了一篇聚电解质溶液驱动力的文章，里面提供了PMF总量、以及其能量和熵的分量。
文章中提到用了abf方法计算Pmf。这部分通过看colvars包的用户指南了解了一点，可以直接通过Lammps-colvars直接得到Pmf。但是能量和熵的分量不知道如何得出，文章中也没有详细提到。
求问各位大神，像下图这个文章中的折线图，蓝色线是可以直接生成的，红色的和橙色的怎么得到呢？
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横坐标是两条聚电解质链（一条聚阴离子、一条聚阳离子）之间的距离。

就像我们平衡后这两条链肯定是结合在一起，所以质心距离很小，如果直接用compute命令计算链之间的势能，必然是只能计算小质心距离下的能量。所以我猜测一定是通过colvars-abf去计算的分量，不添加偏置力应该是无法有这么大的横坐标范围的。

以下是5-10窗口的colvars配置文件：
colvarsTrajFrequency 1000
colvar {
  name r
  distance {
   group1 {atomNumbersRange 1-60}
   group2 {atomNumbersRange 61-120}
  }
  lowerBoundary 5.0
  upperBoundary 10.0
  hardLowerBoundary on
  hardUpperBoundary on
  width 0.5
}
abf {
name abf_r
colvars r
fullSamples 100000
outputFreq 100000
outputEnergy on
historyFreq 1000000
}

harmonicWalls {
  name wall_r
  colvars r
  lowerWalls 5.0
  upperWalls 10.00
  lowerWallConstant 10.0
  upperWallConstant 10.0
}

这个是in文件中的相关命令
fix          meta all colvars abf.input

球球各位大神帮忙看看，感激不尽！

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