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标题: 课题组小集群配置求助，主要用作VASP和lammps [打印本页]
作者Author: exatude 时间: 2025-1-6 20:01
标题: 课题组小集群配置求助，主要用作VASP和lammps
本帖最后由 exatude 于 2025-1-6 23:00 编辑
课题组小集群准备购置新计算节点，用途主要为lmp、VASP 5.4.4以及少部分的机器学习（SISSO）和cp2k。由于位置原因只能放下两台塔式工作站，如果是机架式服务器大致可以放4台（600深*500宽*600高），预算12w。
目前计划的配置为：
VASP：
CPU：2*AMD EPYC 9654
主板：技嘉MZ73-LM0
内存：24*16GB=384GB 三星DDR5-4800 ECC REG
报价：69100
和
lmp：
CPU：AMD Ryzen 9 9950X
主板：AMD X870
显卡：2*微星4090
内存：2*海盗船32GB DDR5-5200
报价：48400
总体参考的是社长的帖子（http://sobereva.com/444）中的“顶级双路服务器推荐配置”和“极高性能分子动力学服务器推荐配置”。在此基础上，考虑课题组VASP计算体系普遍较小（原子数<100）而且通常是纯泛函，所以把第一套内存降成24*16GB；考虑课题组提交lmp任务数量比较多，所以在配置2基础上再加一个4090。想问一下这个配置合理吗？另外好像有看到过帖子说双路9654可能出现并行效率低的问题（找不到原帖了），这个问题存在吗？有没有什么解决办法？
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补充
对于双路9654，预设的使用场景是：大部分时候以4*48核（甚至8*24核）的形式当成多个节点使用，少部分时候着急算大体系才考虑192核并行。核心思想是在预算内以固定的空间占用获得最高的性能。
暂时只找到塔式的分子动力学gpu配置，剩余空间不足以放下其他机架式服务器了，因此选择双路9654的塔式服务器。因此如果有合适的用于分子动力学的gpu机架式服务器也考虑整体换方案。
作者Author: frontleg 时间: 2025-1-6 20:09
vasp小体系不建议9654，intel效率高一些。可以参考我们的测评http://bbs.keinsci.com/thread-49746-1-1.html
作者Author: exatude 时间: 2025-1-6 20:39
好的谢谢！但是看您的测评中只有单路9654的数据，而大部分intel cpu都测的是双路，2*8481C整机我搜到的报价与2*9654相近。如果有双路9654的数据方便分享一下吗？
作者Author: frontleg 时间: 2025-1-6 20:46
双路暂时没有测试结果。单路已经打不过8481C了，双路考虑到并行效率损失，应该更不太行。跑高斯推荐epyc。
8481c应该比9654便宜不少吧？
作者Author: exatude 时间: 2025-1-6 20:56
不好意思估计是搜到黑店了（
多谢！
作者Author: frontleg 时间: 2025-1-6 21:07
本帖最后由 frontleg 于 2025-1-7 07:32 编辑
嗯
作者Author: rendersea 时间: 2025-1-6 22:23
如果办公室建议单路9654 塔式，机架式噪音太大。
双9654 优化到最好也就是 1.8倍的效果，而且大多数人只卖机器不会调优，单路需要设置的东西就不多了。
另外，可以找几个常用的案例实际跑一下，我这边有 双9654 还有双8488c 的机器，具体跑一下好确认哪个性价比高。
作者Author: exatude 时间: 2025-1-6 22:51
好的谢谢！打算放到机房，不是办公室，所以噪音比较无所谓，主要是没找到合适的机架式gpu服务器用来跑分子动力学模拟，这样一来剩下的空间就也只能放塔式的cpu服务器了。另外我计划双路9654只在少部分时候全核运行同一个任务，大部分时候分成4*48甚至8*24运行多个任务，这样是不是能减少并行效率低的影响？
作者Author: abin 时间: 2025-1-6 23:01
建议, 两颗9654, 各使用一半的核心, 可能效果最佳.
作者Author: exatude 时间: 2025-1-6 23:45
好的谢谢！想问问如果是4*48也是按照两颗9654各出24核来分吗，这是为什么？我之前还以为尽量分到一颗核心上效率会更高呢
作者Author: rendersea 时间: 2025-1-7 07:15
可以考虑虚拟化，可以流畅的租性能隔离
作者Author: frontleg 时间: 2025-1-7 07:33
这个最好先测一下，vasp对内存带宽要求比较高，多任务内存带宽如果爆了，速度会慢不少。
Gaussian没有这个问题，可以这么搞。
作者Author: lmlx 时间: 2025-6-9 11:48
您好，您的这两个CUP正好是我最近比较纠结的两个型号，麻烦问一下双路9654和双路8488c在跑VASP上的速率差别是什么个情况。
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