计算化学公社

标题: 求助VASP计算bader电荷随并行参数设置不同而不同的问题 [打印本页]

作者
Author: pet 时间: 2025-1-3 15:24
标题: 求助VASP计算bader电荷随并行参数设置不同而不同的问题
在计算Bader电荷转移时，在INCAR中设置了LAECHG = .TRUE.，并执行了以下两个命令（chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2，bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum）以生成ACF.dat文件。然而，发现由于并行参数的设置不同，计算结果存在差异。经过逐一检查输出文件，发现某些参数下，AECCAR0 文件中的内容全为 NaN（非数字）。在这种情况下，虽然继续进行Bader电荷计算并不会报错，但最终输出的结果却是错误的。以前从未考虑过并行参数对计算结果可能会有影响，这可能是什么原因导致的呢？

## 都用的32核，k和n后面的数字分别代表KPAR和NPAR的值，最后的数字代表输出的二维材料向吸附分子bader电荷转移的结果，-0.55左右的是正常结果，-0.95左右的均为AECCAR0 输出NaN的结果。
附件中给出体系的输入文件，由于该体系仅供测试用，忽略表面的大小等。

KPOINTS 111
bader in k1n1/: -0.547399
bader in k1n2/: -0.547399
bader in k1n4/: -0.547399
bader in k1n8/: -0.95323

KPOINTS 551
bader in k1n1/: -0.545462
bader in k1n2/: -0.545462
bader in k1n4/: -0.545462
bader in k1n8/: -0.966801
bader in k1n16/: -0.545501
bader in k1n32/: -0.966857
bader in k2n1/: -0.5455
bader in k2n2/: -0.966801
bader in k2n4/: -0.966801
bader in k2n8/: -0.545353
bader in k2n16/: -0.966841
bader in k4n1/: -0.545633
bader in k4n2/: -0.966801
bader in k4n4/: -0.966801
bader in k4n8/: -0.5458
bader in k8n1/: -0.545462
bader in k8n2/: -0.545462
bader in k8n4/: -0.545462

(, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: LittlePupil 时间: 2025-1-3 23:56
说句无关的，建议放弃Bader电荷（AIM电荷），换用其它电荷，比如Multiwfn用CHGCAR作为输入文件时支持的Hirshfeld(-I)电荷以及CM5电荷。
参考使用Multiwfn对周期性体系计算Hirshfeld(-I)、CM5和MBIS原子电荷。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2025-1-4 08:26

LittlePupil 发表于 2025-1-3 23:56
说句无关的，建议放弃Bader电荷（AIM电荷），换用其它电荷，比如Multiwfn用CHGCAR作为输入文件时支持的Hirs ...

vasp使用TS系的色散修正会额外打印Hirshfeld或Hirshfeld-I电荷，这样会更简单。

作者
Author: LittlePupil 时间: 2025-1-4 23:58

卡开发发发表于 2025-1-4 08:26
vasp使用TS系的色散修正会额外打印Hirshfeld或Hirshfeld-I电荷，这样会更简单。

是的，如果没有算好的CHGCAR的话确实是这样。

作者
Author: pet 时间: 2025-1-6 16:02

LittlePupil 发表于 2025-1-3 23:56
说句无关的，建议放弃Bader电荷（AIM电荷），换用其它电荷，比如Multiwfn用CHGCAR作为输入文件时支持的Hirs ...

是的，我就是发现有了bug之后，尝试用了这个电荷，发现不是计算或者CHGCAR的bug，是AECCAR0文件的bug.......

作者
Author: pet 时间: 2025-1-6 16:14

卡开发发发表于 2025-1-4 08:26
vasp使用TS系的色散修正会额外打印Hirshfeld或Hirshfeld-I电荷，这样会更简单。

确实，这样看起来比较简单，谢谢卡开发发老师。那么是不是可以优化的时候继续用D3BJ，最后用TS做一个静态自洽得到Hirshfeld-I，因为发现TS比D3BJ还是有明显的耗时增加....

作者
Author: 卡开发发 时间: 2025-1-7 01:51
本帖最后由卡开发发于 2025-1-7 02:07 编辑

pet 发表于 2025-1-6 16:14
确实，这样看起来比较简单，谢谢卡开发发老师。那么是不是可以优化的时候继续用D3BJ，最后用TS做一个静态 ...

就是最后算单点的时候做一下，甚至已经做过自洽的结果可以通过非自洽做，TS性能不见得就比Grimme-D3好。

作者
Author: pet 时间: 2025-1-7 04:11

卡开发发发表于 2025-1-7 01:51
就是最后算单点的时候做一下，甚至已经做过自洽的结果可以通过非自洽做，TS性能不见得就比Grimme-D3好。

明白了，感谢~~

作者
Author: dingniu2 时间: 2025-1-7 09:49
这个问题会不会与vasp版本有关？用新版本的vasp不知道会不会已经修复了这个bug？你用的哪个版本？

作者
Author: pet 时间: 2025-1-7 15:11

dingniu2 发表于 2025-1-7 09:49
这个问题会不会与vasp版本有关？用新版本的vasp不知道会不会已经修复了这个bug？你用的哪个版本？

我用的5.4.4，倒是还没试过新版本

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)