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标题: 求助：什么原因导致CO2超过一半吸附在石英壁面上，以及辛烷分子团聚不扩散 [打印本页]

作者
Author: sssyyuan 时间: 2024-12-31 16:32
标题: 求助：什么原因导致CO2超过一半吸附在石英壁面上，以及辛烷分子团聚不扩散
最近在研究表面活性剂对CO2与辛烷的混相压力的影响，1520个CO2分子和760个辛烷分子在石英纳米狭缝中，CO2、辛烷分子是直接在gauss里面构建然后sobtop生成的itp和top、石英quartz是用ms构建，使用sobtop例9的方法生成的itp和top，跑了一个10ns的nvt系统，结果如下：想知道为什么CO2大部分都吸附在石英壁面并且油分子都没有动？

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作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-31 21:20
CO2要用专门的力场，注意看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20

如果你确实观测到了“油分子都没有动”，把油部分作为一个单独的控温组

作者
Author: sssyyuan 时间: 2025-1-7 20:21
本帖最后由 sssyyuan 于 2025-1-8 20:17 编辑

sobereva 发表于 2024-12-31 21:20
CO2要用专门的力场，注意看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20

如果你确实观测到了“油分子都没有 ...

谢谢sober老师的回答，我试了您的方法，现在油分子可以动起来了，但是由于周期边界，油分子会从另外一边进入油分子，然后2022版本的，不能对一个方向使用非周期，我就想在一边加一个金板挡住，但是能量最小化的时候出现了以下提示。金板是用vmd生成的34440个atoms就是石英壁面，想问一下sober老师这是什么原因 (, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 3)

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