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标题: GROMACS设置2个分组，如何同时调用两个组？ [打印本页]

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2024-12-25 12:22
标题: GROMACS设置2个分组，如何同时调用两个组？
我在做动力学模拟的过程中，设置了两个组gmx make_ndx -f new.gro -o LA.ndx；和gmx make_ndx -f new.gro -o LB.ndx。想问一下我在绘制氢键的过程中如何针对这两个组绘制氢键。如何将LA和LB都调用出来呢？我输入Gmx hbond -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -n LA.ndx -n LB.ndx -num -hbn -hbm这样会提示说输入重复，请问我改如何同时调用这两个组呢？

作者
Author: Dempey 时间: 2024-12-25 13:19
在同一个索引文件中创建两个组

作者
Author: lzy123 时间: 2024-12-25 14:21
先将这两个组放到一个index文件按照规则命好名下面是我的命令供参考
echo 0 1|gmx hbond -f output/npt5new.xtc -s output/npt5.tpr -n index.ndx -num mem-w.xvg
在前面加echo 0 1|
0 1对应的你index文件中想计算的两个组

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