计算化学公社

标题: 蛋白-小分子配体复合物提取轨迹得到的pdb文件中最后一列小分子配体的原子名称不存在 [打印本页]
作者
Author: tianflame    时间: 2017-2-16 22:41
标题: 蛋白-小分子配体复合物提取轨迹得到的pdb文件中最后一列小分子配体的原子名称不存在
本帖最后由 tianflame 于 2017-2-16 22:41 编辑

大家好：
     我用Gromacs5.1.4对一个蛋白-小分子配体复合物进行了能量最小化，用gmx trjconv -f em.trr -s em.tpr -o 4nx2_complex_em.pdb -sep命令共提取得到了6个pdb结构，发现pdb文件中最后一列的小分子配体的原子名称不存在，如下是部分pdb文件，其中残基名为Q2L的是小分子配体。我用PyMOL查看此pdb文件，发现小分子配体原来的两个Cl原子变成了C原子，用VMD载入时原来Cl原子的位置显示的是C原子。我查看了sob老师在培训班中给的例子的输出文件，提取pdb结构后最后一列小分子配体的原子名称也不存在，请问这是正常的吗？可以手动添加上原子名称吗？

ATOM   5064  C   HIS A 312      31.176  52.461  71.210  1.00  0.00           C
ATOM   5065  O   HIS A 312      31.015  52.538  72.431  1.00  0.00           O
ATOM   5066  N   HIS A 313      30.495  51.582  70.460  1.00  0.00           N
ATOM   5067  H   HIS A 313      30.698  51.556  69.467  1.00  0.00           H
ATOM   5068  CA  HIS A 313      29.556  50.578  70.992  1.00  0.00           C
ATOM   5069  HA  HIS A 313      29.959  50.178  71.923  1.00  0.00           H
ATOM   5070  CB  HIS A 313      28.211  51.253  71.319  1.00  0.00           C
ATOM   5071  HB1 HIS A 313      27.769  51.637  70.399  1.00  0.00           H
ATOM   5072  HB2 HIS A 313      28.381  52.094  71.990  1.00  0.00           H
ATOM   5073  CG  HIS A 313      27.231  50.325  71.987  1.00  0.00           C
ATOM   5074  ND1 HIS A 313      27.358  49.779  73.269  1.00  0.00           N
ATOM   5075  CE1 HIS A 313      26.276  49.001  73.439  1.00  0.00           C
ATOM   5076  HE1 HIS A 313      26.059  48.434  74.335  1.00  0.00           H
ATOM   5077  NE2 HIS A 313      25.488  49.041  72.351  1.00  0.00           N
ATOM   5078  HE2 HIS A 313      24.589  48.582  72.248  1.00  0.00           H
ATOM   5079  CD2 HIS A 313      26.076  49.874  71.428  1.00  0.00           C
ATOM   5080  HD2 HIS A 313      25.720  50.114  70.438  1.00  0.00           H
ATOM   5081  C   HIS A 313      29.389  49.372  70.069  1.00  0.00           C
ATOM   5082  OC1 HIS A 313      28.690  49.459  69.032  1.00  0.00           O
ATOM   5083  OC2 HIS A 313      29.958  48.312  70.409  1.00  0.00           O
ATOM   5084  N   Q2L B 314      54.920  55.440  46.801  1.00  0.00            
ATOM   5085  H1  Q2L B 314      54.936  54.674  46.094  1.00  0.00            
ATOM   5086  H2  Q2L B 314      55.904  55.553  47.126  1.00  0.00            
ATOM   5087  H3  Q2L B 314      54.665  56.312  46.294  1.00  0.00            
ATOM   5088  CA  Q2L B 314      53.886  55.159  47.917  1.00  0.00            
ATOM   5089  HA  Q2L B 314      54.148  54.198  48.363  1.00  0.00            
ATOM   5090  C   Q2L B 314      52.437  54.980  47.388  1.00  0.00            
ATOM   5091  O   Q2L B 314      52.248  55.070  46.189  1.00  0.00            
ATOM   5092  CB  Q2L B 314      53.893  56.235  49.027  1.00  0.00            
ATOM   5093  HB1 Q2L B 314      53.158  55.958  49.795  1.00  0.00            
ATOM   5094  HB2 Q2L B 314      53.530  57.182  48.611  1.00  0.00            
ATOM   5095  CG  Q2L B 314      55.245  56.449  49.695  1.00  0.00            
ATOM   5096  CD1 Q2L B 314      55.944  57.653  49.503  1.00  0.00            
ATOM   5097  HD1 Q2L B 314      55.570  58.400  48.809  1.00  0.00            
ATOM   5098  CD2 Q2L B 314      55.758  55.496  50.591  1.00  0.00            
ATOM   5099  HD2 Q2L B 314      55.239  54.554  50.735  1.00  0.00            
ATOM   5100  CE1 Q2L B 314      57.110  57.924  50.233  1.00  0.00            
ATOM   5101  CE2 Q2L B 314      56.916  55.773  51.339  1.00  0.00            
ATOM   5102  CZ  Q2L B 314      57.586  57.002  51.184  1.00  0.00            
ATOM   5103  OH  Q2L B 314      58.671  57.327  51.954  1.00  0.00            
ATOM   5104  HH  Q2L B 314      58.984  56.549  52.484  1.00  0.00            
ATOM   5105  OXT Q2L B 314      51.570  54.579  48.147  1.00  0.00            
ATOM   5106  CL1 Q2L B 314      57.942  59.440  49.949  1.00  0.00            
ATOM   5107  CL2 Q2L B 314      57.477  54.571  52.480  1.00  0.00            
ATOM   5108  OW  SOL   315       2.351   6.540   2.278  1.00  0.00           O
ATOM   5109  HW1 SOL   315       1.737   6.481   3.031  1.00  0.00           H
ATOM   5110  HW2 SOL   315       1.782   6.284   1.525  1.00  0.00           H
ATOM   5111  OW  SOL   316       1.311   3.418   9.655  1.00  0.00           O
ATOM   5112  HW1 SOL   316       1.888   3.005  10.327  1.00  0.00           H
ATOM   5113  HW2 SOL   316       0.425   3.210   9.996  1.00  0.00           H
ATOM   5114  OW  SOL   317       0.375   3.856   5.190  1.00  0.00           O
ATOM   5115  HW1 SOL   317      94.116   3.714   5.187  1.00  0.00           H
ATOM   5116  HW2 SOL   317       0.666   3.237   4.484  1.00  0.00           H
ATOM   5117  OW  SOL   318       5.665  13.367  12.383  1.00  0.00           O
ATOM   5118  HW1 SOL   318       4.784  13.307  11.971  1.00  0.00           H
ATOM   5119  HW2 SOL   318       5.721  14.327  12.533  1.00  0.00           H

作者
Author: sobereva    时间: 2017-2-17 01:21
配体当前有原子名，但是没元素名。手动加上元素名即可。

当前由于没有明确记录配体分子的元素名，VMD根据原子名判断元素的时候判断错误
作者
Author: tianflame    时间: 2017-2-17 09:24
sobereva 发表于 2017-2-17 01:21
配体当前有原子名，但是没元素名。手动加上元素名即可。

当前由于没有明确记录配体分子的元素名，VMD根 ...

好的，谢谢sob老师！



欢迎光临 计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3