计算化学公社

标题: 如何使用gromacs模拟小分子溶液挥发成膜过程 [打印本页]

作者
Author: lmylmylmy 时间: 2024-12-12 10:25
标题: 如何使用gromacs模拟小分子溶液挥发成膜过程
各位老师们，大家好，本人最近想计算“小分子溶液的成膜过程”，小分子溶液的npt模拟已跑完，想咨询一下通过什么样的方法让体系的溶剂分子逐渐减少

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-12 13:06
写个脚本，自动反复续跑，跑一段时间就自动删除一些蒸发出去的分子（根据坐标范围判断）重新产生tpr文件并跑动力学
要么设个吸引墙，蒸发出去的分子最后会被真空层上方的墙吸住，再也回不来，相当于蒸发走了

作者
Author: lmylmylmy 时间: 2024-12-12 16:46

sobereva 发表于 2024-12-12 13:06
写个脚本，自动反复续跑，跑一段时间就自动删除一些蒸发出去的分子（根据坐标范围判断）重新产生tpr文件并 ...

好嘞，谢谢社长。方便问一下您通过什么指令来随机删除分子呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-13 01:47

lmylmylmy 发表于 2024-12-12 16:46
好嘞，谢谢社长。方便问一下您通过什么指令来随机删除分子呢？

是删除蒸发到某个坐标范围的分子而不是随机删
自己写程序

作者
Author: lmylmylmy 时间: 2024-12-13 13:30

sobereva 发表于 2024-12-13 01:47
是删除蒸发到某个坐标范围的分子而不是随机删
自己写程序

了解了，谢谢

作者
Author: 方方方 时间: yesterday 00:44

sobereva 发表于 2024-12-12 13:06
写个脚本，自动反复续跑，跑一段时间就自动删除一些蒸发出去的分子（根据坐标范围判断）重新产生tpr文件并 ...

sob老师，我对比了设置吸引墙和脚本删除蒸发分子，我发现前者在物理上实际上是不合理的，这样会导致模拟的蒸发加快，并且液滴扁平；后者就没有这个问题

作者
Author: sobereva 时间: yesterday 02:40

方方方发表于 2025-8-12 00:44
sob老师，我对比了设置吸引墙和脚本删除蒸发分子，我发现前者在物理上实际上是不合理的，这样会导致模拟 ...

把墙的距离设得足够远，原理上不会有这个问题，此时墙以及墙上吸附的分子已经与液体表面的分子没有相互作用了，原理上不会造成蒸发得更快

作者
Author: 方方方 时间: yesterday 17:35

sobereva 发表于 2025-8-12 02:40
把墙的距离设得足够远，原理上不会有这个问题，此时墙以及墙上吸附的分子已经与液体表面的分子没有相互作 ...

的确是这样，但也会增加计算损耗；脚本去除粒子就没这个问题

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)